吴宓与叶企孙等同事好友走后，陈寅恪继续留在北平家中办理丧事。国恨、家愁交叠而来，陈氏急火攻心，导致视力急剧下降，不得已到同仁医院检查，诊断为右眼视网膜剥离，医生叮嘱及时入院手术治疗，不可延误。陈氏听罢，面露惊慌之色，但犹豫不决。据陈寅恪女儿陈流求回忆说：“记得那天晚上祖父灵前亲友离去后，父亲仍久久斜卧在走廊的藤躺椅上，表情严峻，一言不发。”又说：“考虑到当时接受手术治疗，右眼视力恢复虽有希望，但需费时日长久。而更重要的是父亲绝不肯在沦陷区教书，若在已陷入敌手的北平久留，会遭到种种不测。当年，美延刚出生，流求八岁（南按：应为九岁）。侧听父母严肃交谈反复商量，从大人的语句中感觉出父母做出决定很慎重，也极艰难。父亲终于决定放弃手术治疗眼疾，准备迅速赶赴清华大学内迁之校址。此时父辈四兄弟均已抵达，共议祖父身后事，在祖父逝世后刚满‘七七’尚未出殡时，于11月3日父亲隐瞒了教授身份，携妻带女，离开北平，决心用唯一的左眼继续工作。”
关于陈寅恪身患眼疾的渊源，据流求说：“父亲出身在一个世代读书的家庭，家中藏书丰富，自五六岁人家塾启蒙后即嗜好读书”，从而影响了视力。另据陈寅恪在成都燕大任教时的助手王钟翰谈到陈寅恪突患右眼视网膜剥离症一事时透露：先生“一日见告，‘我之目疾非药石所可医治者矣，因龆龄嗜书，无书不观，夜以继日，旧日既无电灯又无洋烛，只用细小油灯藏于被褥之中，而且四周放下蚊帐，以免灯光外露，防家人知晓也，加以清季多有光纸石印缩本之书，字既小且模糊不清，对目力最有损伤，而有时阅读爱不释手，竟至通霄达旦。久而久之，形成了高度近视，视网膜剥离，成为不可幸免之事了’。先生语毕，不胜感慨系之。”尽管陈氏自知“目疾非药石可医治”，但后来还是抱着一线希望去英国医治，只是被他自己不幸言中，外科手术终告失败，终致一代史学大师双目失明，造成了无法挽回的悲剧。
陈寅恪常年漂泊海外求学，无心婚配，直到1928年39岁时才与唐筼结婚。唐筼小寅恪8岁，广西灌阳人，其祖父为清廷台湾巡抚唐景崧。1895年甲午海战一役，中国战败。4月17日，清廷代表李鸿章与日本签订《马关条约》，割让台湾予日本。台湾官吏与士绅闻讯，激昂悲愤，联合上书唐景崧，谓：“万民誓不服倭，割亦死，拒亦死，宁先死于乱民之手，不愿死于倭人手”，力主唐氏抗日守台。同年5月23日，唐景崧发表“台湾民主国独立宣言”，宣称“台湾同胞誓不服倭，与其事敌宁愿战死”云云。5月25日，台湾民主国成立，唐景崧被推选为总统，年号“永清”，开始组织军队与招募义勇抗击日本侵台之敌。6月3日，日军陷基隆，台湾岌岌可危。6月4日，唐景崧自感力不能敌，遂化装为一老妇，带领随员和部分官银逃到沪尾（今淡水），转乘德国籍轮船鸭打号（Arthur）弃职内渡厦门。台籍士绅、新上任的义勇统领丘逢甲得知唐氏逃遁，亦不再抗日，于混乱中携带公款十万元，逃往广东嘉应州。此后，整个台岛人心惶惶，溃兵四处抢掠，台北藩库存银被抢劫一空，继之仓库失火，秩序大乱。延至6月7日，强悍的日军占领台北，昙花一现的台湾民主国宣告覆亡，台湾落入日本人之手。
唐景崧逃回大陆后，被清廷以抗命罢黜，1903年卒于家中，有《请缨日记》等传世。
当时陈寅恪的舅公，即俞大维伯父俞明震曾入台襄助唐氏策划防务并出任民主国内务大臣。而胡适的父亲胡传（字铁花）曾以台湾直隶州知州兼（军事）统领的职务，助唐景崧、刘永福守台，后于1895年退出台湾病死于厦门（南按：一说因弃台获罪，遭清廷赐死）。胡适5岁之前曾在台湾随父居住。许多年后，胡适由美国转赴台湾出任中央研究院院长职，曾专门寻找过儿时的旧居，媒体多有报道。因了这一历史渊源，唐氏家族与俞家、胡家、陈家皆有交情。陈寅恪在海外学成归国任教清华，一个偶然的机会，与时任北京女子文理学院体育教师唐筼相识并“一见如故”，在胡适、赵元任夫妇的撮和下缔结连理。在以后的若干岁月里，陈、唐夫妇相濡以沫，荣辱与共，手拉肩扶地走过了悲欣交集的人生旅程。
陈寅恪、唐筼夫妇共育三女：长女流求，其名为台湾古称；次女小彭，意指澎湖列岛，两个名字皆为纪念台湾岛和唐景崧所取。三女取名美延。抗战爆发，当陈氏一家自北平逃亡之际，陈寅恪47岁，流求9岁，小彭7岁，美延出生仅4个多月。
未久，陈寅恪与相继赶到北平的几个兄弟匆匆议定了父亲葬礼办法（诸如暂停灵柩于西郊寺庙等），未及出殡，便于1937年11月3日携带家人，连同佣人忠良与照顾美延的王妈妈等踏上了逃亡之旅。此时日军已在平津地区稳住了阵脚，整个局势已完全被日伪政权控制。为防止平津文化、教育界人士出逃南下与抗日力量会合，日伪军在车站码头及沿途重要关口设卡堵截。出逃之前，陈家就听说清华老教授高崇熙逃出北平后，在天津火车站一下车即被日伪军识破身份，当场按倒在地一顿拳脚揍了个鼻青脸肿，然后一根绳子拴住手脚扣押起来。为防不测，陈寅恪扮成生意人，又叫孩子们熟背沿途及目的地等有关地址及人名，以便在走失后设法寻找亲人或故旧。待这一切匆匆安排妥当，一家人踏上了险象环生的逃难之旅。
此时，深秋已降临中国北方辽阔大地，在寒风的肆虐中，树叶枯萎，草木凋零，天地萧瑟。清晨，北平城内霜气阵阵，冷风袭人，越发令人感到凄苦悲凉。陈寅恪一家与北大毛子水等几位教授结伴，在凄冷、惨淡的星光映照下，于微明的夜色中踏着晨霜，悄然告别北平相依相恋的家园，由前门乘火车向天津进发。所幸的是，由于逃难人潮如黄河之水奔腾四溢，无论是火车之内还是沿途停靠的车站，如同一锅煮烂的饺子，人声鼎沸，身影绰绰，混乱不堪，使日伪军的辨别能力受到限制。陈寅恪等几名教授趁着混乱，引领家人小孩在慌乱的人群中穿行。孩子们则一个接一个牵着父母的衣角，越过了日军和伪警察设置的盘查关卡，提心吊胆走出了天津火车站，在租界暂时躲了起来。次日，先到一步的叶企孙已奉梅贻琦密电留守天津保管部分资金，与学生熊大缜共同负责清华师生南迁事务。陈寅恪自叶企孙处领到部分薪水作路费，择定乘英商船济南轮南下，一家人于天津紫竹林搭大汽车至大沽口码头，登上“济南号”英国邮轮向青岛驶去。跟随陈氏一家服务十年之久的佣人忠良，因家事不能前行，在把陈家老小送上轮船后，含泪作别，依依不舍地离去，只有王妈与陈家同行。另外，与陈家同行的还有袁复礼、毛子水和一位北大教授。轮船在大海中一路颠簸动荡总算到了青岛，乘客登岸后已过午夜，陈家与毛子水等几位教授不敢停留，急忙购好长沙联票，连夜挤上去济南的火车。行至济南，火车停开，班次皆无。此处风声更紧，商店关门，人相争传日军即到，各色人员争相离开这块危险之地，整座城市陷入混乱之中，逃难者如同被火烧着的蚂蚁，挤成一堆，滚成一团，又各自向心中的目标挣扎冲撞。火车站每有火车南开，人潮如江海巨涛，轰然而上，至于最终逃往何处，许多人并不清楚。陈寅恪一家被裹挟在涌动的大潮中，于茫茫人海中不知身归何处。幸亏苍天有情，一班列车停在车站未动，被挤撞得热汗淋漓的毛子水突然从一个窗口中发现清华教授刘清扬眷属已先在车内。这一发现，如同大海中迷途的航船突然看到了暗夜中的灯火，众人拼尽力气挤上前来求援。刘清扬等见车门已不能通行，索性把陈寅恪家人连拖带拉从窗口一一拽进车厢，毛子水等也借机钻了进去。车厢内如同一个被封了盖的热锅，拥挤不堪的人群如同热锅上的蚂蚁，在一片高呼小叫、哭爹喊娘中四处冲撞游动，以找到片寸落脚之地。不懂世事的美延突见如此混乱情景，连惊加吓大哭不停，弄得陈氏一家情绪低落，叫苦不迭。此时，北风呼啸，阴雨连绵，敌机不断在沿线轰炸，济南车站时闻炸弹在附近爆裂的声音，并有炸起的碎石尘土落入站台之上，车内车外惊恐凄苦之状令人心碎。所幸的是，陈家乘坐的火车没有遭炸弹掀翻，未久即驶出济南站，一路狂奔向南急驶。至徐州后下车，天空大雨连绵，日机不能起飞前来轰炸扫射，心神略安，陈家与其他教授转陇海线至郑州，旋又转车奔赴武汉，在入夜的混乱中，毛子水一只手提箱被人盗走，懊悔愤懑不已又徒叹奈何。在汉口旅店休息半日，即搭粤汉车冒雨前往长沙，历尽磨难，终于11月20日夜抵达长沙。同来的大小知识分子各寻住处，陈氏一家无处觅房，暂时在一位亲戚家借住。自北平至长沙，整个行程5000余里，历时18天。在天津之时，陈寅恪本想乘轮直去上海或香港再转长沙，为求快捷，决定在青岛登陆转火车南下，想不到此路竟拖延了十几天，且一家人备尝乱离苦痛，才总算熬到了落脚之日。
一家人喘息未定，长沙临时大学又奉命南迁云南昆明，陈寅恪只好携家眷继续登程。在迁往昆明的三条路线中，陈家选择了水路。在南下之前。陈寅恪将清华园抢运出的一批私人书籍另行打包邮寄长沙，但直到要离开此地时，邮寄的书籍因交通阻隔尚未收到。眼看师生已走大半，陈氏已顾不得许多，只好携家眷起程。据流求回忆：“我们离长沙时已经霜冻，经衡阳搭乘长途汽车，途中抛锚，走走停停，夜宿零陵县，入夜米糖开水的叫卖声，提醒我们逃难的路程已由辽阔的华北平原到达祖国富饶的南方了。”接着乘汽车到广西桂林市。广西是唐筼的故乡，父母早已去世，有些亲属在桂林工作和居住。这是一座看上去较北方安静的古城，买卖货物使用的是“桂币”，物价尚平稳。陈家住进靠近湖畔的一家旅馆，一面做继续上路的准备，一面在城中拜访唐氏的本家或亲戚。
桂林的日子很快过去，陈寅恪一家又要急着赶路。在蒙蒙细雨中，一家人登上长途汽车，经平乐到达广西梧州市，稍事休息，再转内河轮船，沿江夜航而下，经虎门抵达香港。此时已是1937年阴历岁末了。
初到香港，陈夫人唐筼因旅途劳累过度，心脏病突发，三女美延又身染百日咳，高烧发热，昼夜尖叫咳嗽不止，全家不能再行，只好找一家旅馆住下。据流求笔记：“这时香港大学许地山教授夫妇来我们旅馆看望，见三妹患病发高烧，许伯母把我和二妹带到他们家，并代租赁房屋暂住。我家就在这简单行李和家具的房子里度过逃难后的第一个春节。”大年之夜，幽暗的灯光映照下的餐桌上，唐筼悄悄叮嘱女儿：“王妈妈和我们奔波半年，过旧历年总要让她多吃几块肉。”意思是让尚不太懂事的流求、小彭们主动克制、谦让一些，尽量让王妈妈多尝到一点难得的美味。王妈妈从旁侧闻听，感动得泪流满面。
春节过后，陈寅恪必须赶往西南联大授课，唐筼心脏病未愈，体力不支，不能随行。陈氏只好告别家人，独自一人先行上路，自香港取道安南海防市抵达云南蒙自。几个月的艰苦跋涉，令陈寅恪与吴宓、朱自清等清华同仁在这座边陲小城再度相聚，抗战流亡的生命历程中添加了一个特殊的注脚。
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