1937年7月7日，当卢沟桥枪声响起时，陈寅恪作为清华大学历史、中文两系合聘教授，在讲授多门功课的同时，仍兼任中央研究院史语所历史组主任、研究员。在此之前的七八年间，陈氏在学术研究上著述颇丰，教学上业绩辉煌，深得中央研究院蔡元培、朱家骅、傅斯年以及清华大学梅贻琦、冯友兰、朱自清等双方大小主事者的赞誉和尊敬。1934年5月27日，傅斯年在致胡适信中特别提道，“若以寅恪事为例，则寅恪之职务，大事仍由其主持，小事则我代其办理。”又说：“且寅恪能在清华闭门，故文章源源而至（其文章数目在所中一切同仁之上）。”这一时期，根据清华大学规定，教授月薪最高以400元为限，所在学科有特殊贡献者，可超过此限，其人数不得超过全体教授总数的五分之一。陈寅恪属当之无愧的“特殊贡献者”，因而得以连年加薪，到1937年上半年，月薪已达480元，为清华教授中薪水最高者。一家人生活稳定，无忧无虑。最令陈寅恪得意的是，他的父亲三立老人得以从南京迁北平城内和儿孙辈家人经常见面，不再孤独。平时城内与清华园两方面家务都有仆人打理，省心省力，大事小事均可通过家中电话随时联络，真正过上了俗世中所说的幸福像花一样的美满生活。
这一时期，与陈寅恪交往频繁、密切者有清华大学外文系教授吴宓、理学院院长叶企孙，以及文学院院长冯友兰、中文系教授朱自清等名流大腕。由于陈寅恪日记不幸在“文革”中散失，他的心境已不得而知，但从好友吴宓留下的几条日记可窥知清华园内的景象和教授们不同的侧影。1937年5月21日，吴宓日记云：
“孟夏草木长，绕屋树扶疏。”近始感树木繁荣，绿叶浩浩发明光，景物之美丽，
居处之清幽，皆足以适我之性，怡我之情。能端居自读佳书，即是真乐。……盖宓久为志业、道德、恋爱诸事所困，劳苦多年，不知享受。近顷始渐能超然，略获解脱，稍致心安意得之境界。苟能长如此，则恋爱婚姻问题，无论如何途径解决，皆能得所裨益而不足为累矣。
如此怡性舒适的环境和心境，吴宓在整天思索着恋爱与女人相互关系与作用问题的过程中，与陈寅恪交往更趋频繁。沿着吴宓日记的轨迹延伸下去，可看到这样的场景：
1937年5月24日晚上、6月3日晚上、11日上午和晚上、22日晚上、23日晚上，陈寅恪要么到吴宓住处闲谈，要么二人在户外西园散步，谈学论世兼及婚丧嫁娶，兴致盎然。6月25日晚，陈寅恪与吴宓双双来到清华园西园散步，观天上各色雨云及彩虹，夜归后，吴宓作《写怀》诗，以舒当晚得意快活之情怀。
7月6日晚7时，陈寅恪与吴宓再次来到园中散步，后坐在体育馆后球场观晚霞，觉大自然之美妙，人生之苦短。忽陈寅恪心中若有所失，默坐了一会儿，又谈起时局变化，感日本之汹汹，叹中国之落后，不禁黯然神伤。第二天夜里，卢沟桥畔枪声响起。自此，西天的云霓霞光被腾起的炮火硝烟所笼罩。
7月14日，吴宓在日记中记载道：“阅报，知战局危迫，大祸将临。今后或则（一）华北沦亡，身为奴辱。或则（二）战争破坏，玉石俱焚。要之，求如前此安乐静适丰舒高贵之生活，必不可得。我一生之盛时佳期，今已全毕。此期亦不可谓不长久，然初未得所享受，婚姻恋爱，事事违心，寂寞愤郁，痛苦已极。回计一生，宁非辜负？今后或自杀、或为僧、或抗节、或就义，无论若何结果，终留无穷之悔恨。更伤心者，即宓本为踔厉风发、慷慨勤勉之人。自1928年以来，以婚姻恋爱之失败，生活性欲之不满足，以致身心破毁，性行堕废。故当今国家大变，我亦软弱无力，不克振奋，不能为文天祥，顾亭林，且亦无力为吴梅村。盖才性志气已全漓灭矣！此为我最伤心而不可救药之事。如此卑劣，生世亦何益？思及此，但有自杀，别无它途。”
7月15日，吴宓日记又载：“是日清华提前发给教职员七月份薪金。计私利，急逃避，此中国人之所能为者耳！”“夕5—6洪谦来（南按：留德哲学博士，时为清华大学讲师），同散步。洪君以国人泄泄沓沓，隐忍苟活，屈辱退让，丝毫不图抵抗，使日本不费力而坐取华北。如斯丧亡，万国腾笑，历史无其先例，且直为西洋人士所不能了解者。故洪君深为愤激痛苦，宓亦具同情。按西洋古者如Troy与Carthage之亡（南按：指古希腊特洛伊城与古罗马时代迦太基之亡），皆历久苦战，即中国宋、明之亡，争战支持，以及亡后图谋恢复之往迹，皆绝异中国今日之情形。中国之科学技术物质经济固不如人，而中国人之道德精神尤为卑下，此乃致命之伤。非于人之精神及行为，全得改良，决不能望国家民族之不亡。遑言复兴。”
7月21日，风闻卢沟桥已开战，此为大战之始，清华园内师生更加惊慌。面对此情此景，吴宓颇为悲愤地记述道：“3—4，蒋振东来。友生多为个人逃避之计，或包运书物，而绝少激昂悲愤，以谈论国事者；遑言舍生取义耶？”
7月29日，吴宓日记详尽地记述了战争紧迫，清华园末日，各色人等的形态，以及自己逃亡入城的慌乱情形：
晨，在荷花池散步，花犹盛开。日机在空中整队飞翔，偶闻一二掷弹或炮声，旋及平静。8：00企孙电告，因张自忠军及石友三保安队等倒戈，我军大败，宋等已于昨夜退走保定。城中已另有政治组织云云。一夕之间，全局尽翻，转喜为悲。不特为事实上之大损失，抑且为道德精神上之大失败。益叹人不能亡我，而我能自亡也！
陈昌年来，言拟随同众学生走门头沟，由此南行，以避敌锋，因学生将被搜捕云云。甘肃学生冯绳武两次来，以存款不多，生活无术，求为宓之仆。宓拒之。此时，见学生纷纷乘自行车（携小包）离校，或以人力车运行李入城。教授亦纷纷以汽车载物送眷入城。校工则退还储金，又将发给两月工资解散。
传闻日军已南进至清河，前队已驻守清华园车站。不久，或即来校接收。情形甚为忙乱。宓深感清华瓦解之易，与员生之但求自逃，不谋团结维持。宓原拟终留清华，至是，叶企孙力劝入城。陈寅恪亦谓‘在此生命无忧，入城可免受辱’。宓以众教授如此行动，遂亦决入城（事后思之，实太急遽）。电K，则香山电话已不通矣。
10：00卞慧新来。还书。宓与吴延增匆匆收检随身零件，单衣，及一部分日记等，于二小手提箱。馀皆弃置（深悔平日不早决行止，双轨预备。此时尚可自雇汽车，多带要件及贵重物品书籍以行，乃全行弃置，悔咎无及）！至1：00毕。
约2：00，与吴延增别，托其暂管宓之书物。又以彦函一包，托彼携归家中保藏。吴延增又大悲泣，挥泪送我。宓忽如此舍弃可爱之清华园西客厅，一生美满舒适之环境与生活，从兹尽矣！关魁元亦来送。宓附乘叶企孙之汽车，并熊大缜君，入城。约3：00抵城内帘子库一号姑母宅中。
就在这一天，陈寅恪见清华园已经大乱，知花落春去，事不可为，亦乘一辆人力车携带部分小物件于纷乱中逃入北平城内西四牌楼姚家胡同三号寓所与家人团聚。一进大门，陈寅恪便急切地招来侄子陈封雄说，其他的东西都可牺牲，唯多年购置的常用书籍与手稿不能丢，让陈封雄尽快想法雇车赴清华园寓所把这些东西抢出来。陈封雄知道书籍与手稿乃叔父的性命，想方设法雇了一辆小汽车前去抢运。陈寅恪购书之多在清华众人皆知，早在哈佛求学时，他就主张大购、多购、全购书籍。1919年8月18日，吴宓在日记中记载：“哈佛中国学生，读书最多者，当推陈君寅恪及其表弟俞君大维，两君读书多，而购书亦多。到此不及半载，而新购之书籍，已充橱盈笥，得数百卷。陈君及梅（南按：即梅光迪）君，皆屡劝宓购书。回国之后，西文书籍，杏乎难得，非自购不可。而此时不零星随机购置，则将来恐亦无力及此。故宓决以每月膳宿杂费之余资，并节省所得者，不多为无益之事，而专用于购书。先购最精要之籍，以次类及，自本月起，即实行焉。”
陈寅恪归国时曾于国外购买一大批书，到清华后仍四处收购不辍。一次竟将积蓄的2000元购买一套日本印制的《大藏经》，约有二三百册之巨，放于清华园寓所中研读。此次陈封雄乘车赶到清华园陈氏寓所，本想把这套巨著一并带上，无奈体积实在庞大，汽车空间有限，只好暂时舍弃不顾，先把书桌内外的手稿及书桌周围的书籍匆忙收拾起来塞进车内。当满载书籍、手稿的汽车于慌乱中驶出清华大学西校门时，正好碰见一辆日军坦克迎面驶入，几个鬼子嗷叫着钻出坦克，荷枪实弹冲过来喝令汽车停下接受检查。待车门打开，鬼子们挥动枪上的刺刀胡乱挑检起来，见装载的都是一捆捆的破书乱纸，有些失望地冲陈封雄呜哩哇啦地喊了几句听不懂的鬼话，抬脚狠狠地踹了一下车门，示意放行。据陈封雄后来说，当时日军仍在西苑一带投弹，处境十分危险，遂没有再返回清华园。翌日，因通州败退之保安队为日军追击，溃败人员绕北平城北、城西而遁，西直门外万寿寺之地犹有战事，西直门连续几日关闭，不能出城，逃入城内的朱自清、陈福田、吴有训等清华教授皆乘车出城，欲入清华园抢救书籍、衣物，皆被阻回。后来清华园成了日军的兵营，陈寅恪又遭逢父丧，没再施行抢救措施，当年花费重金购买的《大藏经》和其他大量书籍全部下落不明。
正应了“福无双至，祸不单行”的古话，陈寅恪入城之时，85岁高龄的父亲陈三立老人已身染沉疴，行将不治。卢沟桥事变发生后，面对山河破碎，生灵涂炭，日本军队咄咄逼人的凶妄气焰，三立老人忧愤不已，情绪低沉，终致一病不起。无论家人如何劝慰，总是忧愤难平。卧床期间，每有亲朋故旧前来探视，老人则艰难撑起病体，以低沉沙哑的声调问道：“时局究竟如何，国军能胜否？”外传马厂国军大捷，老人特向来访亲友询问消息是否确凿。当中国军队败退，有悲观者言称中国非日本人之对手，必弃平津而亡全国时，三立老人于病榻上圆睁二目，怒斥曰：“中国人岂狗彘不若，将终帖然任人屠割耶？”言毕遂不再服药进食，欲一死明志。平津沦陷后，老人伤心欲绝，大放悲声，曰：“苍天何以如此对中国邪！”延至9月14日，一代诗文宗师溘然长逝。
炮火连天中，老父的不幸弃世，对陈家可谓雪上加霜。时陈寅恪几个兄弟均在南方，因交通阻隔，一时难以赶赴北平奔丧，陈寅恪只得在等待中先行准备丧事。
进入城中的吴宓自8月10日始，又几次潜入清华园，将寓中书籍、衣服被褥等物皆清点装箱，雇人力车拉回城内姑母家中保存。
9月2日，清华大学校长办公处发出公告：“开学无期，现组织校产保管委员会，自九月份起停止发薪。”各自设法向长沙集中，吴宓对此犹豫不决。23日，吴宓亲至城内姚家胡同陈宅参加三立老人祭吊。此时，北平早已沦陷，日军已进清华园，清华师生多数已躲避逃亡。吴与陈寅恪商量逃难办法。吴宓不愿南下，欲留北平暂避读书，陈寅恪表示赞成，惟谓“春间日人曾函邀赴宴于使馆，倘今后日人径来逼迫，为全节概而免祸累，则寅恪与宓等，亦各不得不微服他适矣。”也就是说，日本人已注意到自己的身份并开
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