次日清晨，吴宓赴翠湖边的先生坡、天君殿巷等处访友，只见：“房屋毁圯，瓦土堆积。难民露宿，或掘寻什物。……文化巷口棺木罗列，全巷几无存屋。”又“闻死者约百人。”
吴宓所记的“校警工役数人”，其中一位是专门负责看守联大常委办公室和地下室的老校工尹师傅。当时在梅贻琦办公室后面专门挖了一个小型地下室，用来存放学校有关文件、贵重仪器和从北平带来的为数不多的孤本、善本书籍。平时有两名校工管理看护，遇到空袭时就把门锁上，众人一起“跑警报”，而在三名常委中，梅贻琦“跑警报”的次数最多最勤。据西南联大教授陈岱孙回忆说：那时候经常有警报，而“一有警报，我们就往后山跑，上坟堆里去。飞机来了，就趴在坟堆里看着下炸弹，下了炸弹以后飞机飞走了，我们才站起来。那时候，张伯苓校长在重庆，蒋梦麟也经常到重庆去，有时也在昆明，但是很少参与学校的事情。梅校长就是那个时候的校长，尽管名义上是常委。他经常每天办公，警报一来，也跟学生一样一起往后山跑，飞机来时，跟学生一样趴在学生身边。所以当时，学生看起来，梅校长是很亲近的。”
因敌机来得频繁，跑警报的次数太多，联大师生与员工渐感疲乏并产生了懈怠与侥幸心理，对敌机的“嗡嗡”轰鸣也不再理会。每次警报响起，几位老校工就打开联大校园的后门，让众师生向后山疏散，自己则在校园内或常委办公室看护。有些学生也仿照老校工的做法，在校园内随便找个树木繁密的地方或蹲或坐，待敌机过后再继续到教室自习，想不到这个做法竟酿成了一场灾祸。
10月13日下午，梅贻琦正在办公室处理公务，紧急警报响起，梅仍像往常一样走出办公室，随着师生穿过校园后门奔赴后山躲避。当他尚未跑到离校园最近的白泥山，敌机已飞临校园上空，密集的炸弹冰雹一样落下，顿时浓烟腾起，常委办公室与临近的一幢宿舍被炸塌，看守地下室和常委办公室的老校工尹师傅与几位同事，另外还有几名躲在校园密林内的学生，见此次敌机轰炸异常猛烈，乃起身向防空洞奔去。有的刚钻进洞口，有的尚在洞外，一枚炸弹从天而降，众人不幸遇难。梅贻琦多亏跑得及时，算是逃过了一劫。
同1937年卢沟桥事变中日军轰炸南开大学一样，此次日机对昆明的空袭，显然是专门针对教育机构而来。对这一悲剧的发生，梅贻琦事后在一份《告清华大学校友书》中写到：“敌机袭昆明，竟以联大与云大为目标，俯冲投弹，联大遭受一部分损失，计为师范学院男生宿舍全毁，该院办公处及教员宿舍亦多处震坏”；“环学校四周，落弹甚多，故损毁特巨”；“清华办事处在西仓坡之办事处，前后落两弹”，办事处防空洞“全部震塌”，“工友二人，平素忠于职守，是日匿避该防空洞内，竟已身殉”。
此次联大校舍被炸的具体情形，昆明报纸于次日作过详细报道：“昨敌轰炸机二十七架袭昆，对我最高学府国立西南联合大学，做有计划之轰炸，以图达到其摧残我教育与文化事业之目的……新舍男生宿舍第1、2、28、32等号被毁……师院女生宿舍第2号……男生宿舍第1、2号，教职员宿舍被毁……第7、8教室被毁。南区生物实验室一栋全毁，内有仪器多件，图书库被毁……其余，常委会办公室、出纳组、事务组、训导处、总务处均被夷为平地。”
就在这次轰炸中，蒋梦麟办公室一根被炸断的房梁轰然落下，把蒋的办公桌桌面刺穿。
多亏当时蒋梦麟已跑出办公室，否则后果不堪设想。学生何兆武看到这位蒋校长坐在图书馆前的地上，一副无奈的样子，或许不够准确。
但当时的蒋梦麟面对他办公室中的恐怖情景，一定是百感交集并心有余悸的。
当然，对此次不幸事件的发生，也有教授同仁对学校高层特别是师范学院领导者的态度表示不满，曾昭抡于第二天日记载：“昨日敌机轰炸昆明后，我等住宅前后左右，落炸弹甚多。附近数屋变成一片废墟，有一屋全家六人均被炸死。联大师范学院的男生宿舍全毁，学校负责人，竟不露面。在办公时间内，全校无一人办公，惟教授则仍有一部分上课者。”
这个批评是否合适当另当别论，或许师范学院的领导人另有他事而不在现场，或有其他缘由。但无论如何，此次轰炸对联大校舍及其他物质的毁坏是巨大的，其在师生心中投下的战争恐怖阴影也难以消除，以至多少年后仍记忆犹深。
西南联大被炸的这一天，正是日军全面占领法属印度支那一个月的日子，昆明距日军占领的越南河内军用机场不足600公里，距已经推进至河口一线的日军先头部队不足400公里。地处边陲的云南昆明由大后方一变而成为战火纷飞的战区旋涡，遭受敌机轰炸如同家常便饭，不论是达官贵人还是平民百姓，包括大大小小的知识分子都无可奈何，只能是一边工作一边默默忍受着。据曾昭抡10月17日的日记载：“日方广播，谓将于17至21日，狂炸昆明及四郊。今日五时左右即醒，早饭后赴校上课。天空阴云甚重，上两节课安然无事。九时三刻，空袭警报终来，出城避至山边沟中。坐沟旁草地上，读完《罪与罚》一书。至下午一时余，仍放紧急警报。坐沟中向天张望，不久旋见敌机三架，来回盘旋侦察。后见重轰炸机三队二十七架，作银白色，自头上飞过，至城角上空，投轻炸弹一批，随见城内黑烟扬起。由城飞至马街子，投重磅炸弹一批，地为之撼。警报至五时左右始解除。回家晚餐后，阅清华留美试卷，至十一时睡。”18日日记又载：“八时至北门街宿舍取书，返宅后画《高等有机》应用之图表。九时半警报又来，出城疏散，坐两山间之山沟内，读看清华留美试卷。”
因了连续的轰炸，许多文科教授干脆把课程安排到晚上讲授，如吴宓就利用晚上没有轰炸的空隙，借月明之夜继续他的《欧洲文学史名著》中“柏拉图”一课的讲授。10月16日，吴在日记中写道：“晚7—9时至校舍大图书馆外，月下团坐，上《文学与人生理想》，到者五六学生。”
正如“物极必反”的道理一样，轰炸次数多了，就出现了一些反常现象，或称为一种战时精神。如汪曾祺所说：“联大同学也有不跑警报的，据我所知，就有两人。一个是女同学，姓罗。一有警报，她就洗头。别人都走了，锅炉房的热水没人用，她可以敞开来洗，要多少水有多少水！另一个是一位广东同学，姓郑。他爱吃莲子。一有警报，他就用一个大漱口缸到锅炉火口上去煮莲子。警报解除了，他的莲子也烂了。有一次日本飞机炸了联大，昆中北院、南院，都落了炸弹，这位郑老兄听着炸弹乒乒乓乓在不远的地方爆炸，依然在新校舍大图书馆旁的锅炉上神色不动地搅和他的冰糖莲子。”
这两位同学置敌机轰炸于不顾，临危不惧、神态自若的另类表现，真有点古代战争或武侠小说中描绘的大将风度，甚至有点神仙风范，令人叹服。据说，联大校园外不远处有一家牛肉面馆，老板很有个性，被炸之后，索性换了一个新的招牌，叫做“不怕炸牛肉面馆”，大家都觉得这个招牌挺有趣，也挺鼓舞士气，前来吃面喝汤的食客增加了不少，老板因此大大地发了一笔。
当然，说是“不怕炸”只是赌气式地与日本人暗中较劲儿，或者称为一种黑色幽默，凡胎肉体总是敌不过钢铁炸弹，警报一响，还得跑。日复一日，没完没了地跑，众人身心俱疲，就连住在昆明郊外龙泉镇的中央研究院史语所、中国营造学社，以及李济领导的中央博物院筹备处同仁，每天都在警报的鸣响中惶恐度日，其悲苦之状从林徽因给费慰梅的信中可以看到：
日本鬼子的轰炸或歼击机的扫射都像是一阵暴雨，你只能咬紧牙关挺过去，在头顶还是在远处都一样，有一种让人呕吐的感觉。
可怜的老金，每天早晨在城里有课，常常要在早上五点半从这个村子出发，而还没来得及上课，空袭就开始了，然后就得跟着一群人奔向另一个方向的另一座城门，另一座小山，直到下午五点半，再绕许多路走回这个村子，一天没吃、没喝、没工作、没休息，什么都没有，这就是生活。
梁、林夫妇的儿子，当时只有8岁的梁从诫童年的记忆里，曾烙下了这样的画面：“有一次，日本飞机飞到了龙头村上空，低到几乎能擦到树梢，声音震耳欲聋。父亲把我们姐弟死死地按在地上不让动。我清楚地看见了敞式座舱里戴着风镜的鬼子飞行员，我很怕他会看见我，并对我们开枪，感受到了死亡的威胁。”
联大师生、昆明的民众与林徽因母子的感受，基本代表了当时国人的心境：战争是酷烈的，由节节失利的战争带来的苦难，更令人焦虑、心悸、不安。但大多数人并未因此全面退缩，或放弃抗战的决心与胜利的信心，用民众通俗的说法，就是“豁出去了，拼了再说。”对知识分子而言，此时的心境按清华大学教授闻一多的说法，就是“教授们和一般人一样只有着战争刚爆发时的紧张和愤慨，没有人想到战争是否可以胜利。既然我们被逼得不能不打，只好打了再说。人们对于保卫某据点的时间的久暂，意见有些出入，然而即使是最悲观的也没有考虑到战事如何结局的问题。”
当时日军对重庆的轰炸远胜过昆明，1939年6月11日，蒋介石的重庆黄山官邸附近遭到轰炸，官邸亦中弹，时蒋在三楼，险遭劫难。1940年5月始，日机经常以一百架次以上轰炸重庆，许多无辜的民房与市民被炸毁炸死，其悲惨之状，令人痛扼。这年5月29日，蒋介石在目睹了重庆大轰炸后，于当天的日记中作了如下记载：
其扶老携幼，负重行远之情状，见之心酸，下代国民应知今日其父母挈其避难之苦痛，为空前史所未有，为国为家，更应特尽忠孝之道，庶不愧为中华民国之子孙也。
进入8月，日机对重庆的轰炸更为猛烈，整个重庆市区墙倒屋塌，满目疮痍，死伤惨重。尽管如此，军民们那种慷慨悲歌之气未减，大有越炸越勇，越炸越冷静、不屈之势。8月19日，日机出动一百九十余架，对重庆展开轮番轰炸，整个市区笼罩在浓烟与烈火中，许多建筑被炸后燃烧，持续数十小时。面对惨剧，蒋介石于8月21在日记中作了如下记载：
徒凭满腔热忱与血肉，而与倭寇高度之爆炸弹与炮火相周旋于今三年，若非中华民族，其谁能之。
字里行间，透出这位战时军政领袖不服输，不怕鬼，不信邪的气概。1941年8月30日，蒋介石的重庆黄山官邸再次遭日机轰炸，六名卫士死二伤四。面对血肉横飞的惨象，蒋介石心怀忧愤但不为所惧，继续在残破的官邸办公和召开会议，周身透出一股视死如归的英雄豪气。
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