正当“南曾北夏”于文物、考古领域大展宏图之时，始料不及的政治运动接踵而至。在风卷浪滚的政治背景裹挟下，作为一名踏入新政权门槛的自由知识分子，倘只埋头学术研究，则被认为是落伍甚至是对抗革命的恶劣表现，思想改造成为不可避免的生活方式。早在1951年10月23日，毛泽东在全国政协一届三次会议上明确提出：“思想改造，主要是各种知识分子的思想改造，是我国在各方面彻底实现民主改革和逐步进入工业化的重要条件之一。”至于为什么“要思想改造”，周恩来曾作过这样的解释：“因为我们过去的思想不是受着封建思想的束缚，就是受着帝国主义奴化思想的侵蚀。只要我们有些知识，就在受到这些影响。”“这就需要我们每一个人不断地在思想上求得改造，以适合我们今天新中国的需要，适合于人民的利益。”
1951年12月23日，南京为迎接“思想改造运动”，成立了南京市毛泽东思想学习委员会，曾昭燏受聘担任该会委员。就在这年冬天，她主动要求参加赴皖北太和土改工作队，到基层接受“改造”。据当时刚从学校分配到南京博物院的罗宗真回忆：南京博物院第一批人员
去安徽太和地区搞土改，此地人民生活异常艰苦，社会治安混乱，前来进行土改工作的工作队队长晚上都把手枪枕在头下睡觉，时刻防备不测之事发生。有位年轻人把情况写信向曾昭燏汇报后，曾院长表示要作为第二批队员来太和，与大家同甘共苦，共创理想中的改造运动之伟业。罗说：“她当时的身份是官宦地主家庭出身，南京博物院副院长，南京市妇联副主席，颇有一定声望的知名民主人士，主动要求下来参加土改运动，体验生活，接受教育，这是非常不容易的。后来经过批准，她终于下来了。……给人以印象她是强烈地要求思想改造，以消除自己身上地主阶级的烙印。这和她后来一直向党靠拢，并在1960年前后屡次向党提出申请，要求加入共产党组织，是她一贯的思想发展轨迹。”同许多知识分子一样，当五星红旗在南京博物院粗壮高大的旗杆上升起之时，星光照耀下的曾昭燏瘦小的身影，仰望代表着中共胜利与光荣的猎猎旌旗，顿时觉得自己的渺小与身心所带有的“罪恶”，一股恐怖与不祥的阴影弥漫心头。根据上级指令，她必须老老实实地向中共组织交代自己的家庭背景和人生经历，并毫无保留地交代做过哪些对共产党不利的事。指令下达，曾昭燏如泰山压顶，气喘胸闷，无论是家庭出身还是人生经历，在江山易主、改朝换代的历史轮回时刻，都令她感到英雄气短，心生愧疚。如果当年自伦敦归国不是跑到昆明，或苍山洱海甚至四川李庄的小镇上搞田野考古发掘、研究，而是像后来改名尹达的刘耀一样，越过国民党军与日军血战的武汉战场，一路化装打扮，穿越国民党在晋陕的封锁线，跑到延安宝塔山中的窑洞里蹲起来研究马列主义，那该是多么光荣伟大的革命事业呵？那样的前景该是多么光明？历史已矣，后悔已迟，青春岁月如潮水东流，一去不返。现在要做的只能是立功赎罪，争取党和人民的宽宥，加之拼命工作，低调做人，如此这般，可苟全性命于盛世。然而，这个苟全也并不像当年在南阳耕地的诸葛孔明那般舒适潇洒，必须眼观六路，耳听八方，在每一个生活细节上谨小慎微，三思而后行，否则，后果依然不堪设想。
有了这一清醒的认识，曾昭燏在交代材料中所采取的策略是，尽量真实地叙述家庭背景和人生经历，但在叙述的同时必须注意称谓和情感的流露，旗帜鲜明地表示哪些事是不该做的，哪些人是反革命的，对过去做错的事与接触的反革命分子如傅斯年之类，必须予以唾斥和谴责，以示决绝的态度与对党的忠诚。只有如此，才能达到机关算尽又误不了卿卿性命的境界。在这个思路指导下，类似于《李秀成供词》的《自传》就此出笼。
按照上级组织的要求，在这份供状中，曾昭燏需要着重交代的当然是被中共认为狗坐轿子——不识抬举，跟着国民党政府和蒋介石乱跑一气，并被毛主席点名唾斥的胡适、傅斯年、钱穆之流，而这几个被视为“带着花岗岩脑袋去见上帝”的反动分子，与曾昭燏本人和曾氏家关系最近、交往密切的自然是傅斯年。因而，这位墓已宿草的“傅大炮”，便成为供词的重中之重。为此，曾昭燏首先承认傅斯年对自己无论是思想、学术还是生活上，是一个影响重大的人，而后叙述自己的内心感受及对傅氏的评价：
……直到最近我把傅的生平仔细地分析一下，才认清他始终是站在反革命的立场，是国民党蒋匪帮的帮凶者，而我对于他那样的怀念，纯全是从个人的感情出发，严格说起来，这是种反人民的意识与行为。
在大骂傅斯年和对自己进行精神“洗澡”的同时，并不算糊涂的曾昭燏还没有傻到把过去的陈年旧事兼个人私情全部抖出来的程度。事实上，有一些关乎家族荣辱与个人性命的隐秘，是不能轻易披露倾吐的。这个情结的纠缠发酵，成为日后曾氏压力与恐惧不断加大并终于走向绝路的因子。
1956年3月6日，曾昭燏向全院职工传达全国政协会议内容，说：“知识分子问题是最中心的问题，特别是思想改造的问题。郭老引曾子‘吾日三省吾身’说，每个知识分子每天都可以把自己问三次：一、我为人民为社会主义建设服务是否有不够积极的地方？二、我为扩大队伍加强团结上做得多少？三、我学习马列主义是否有高度的积极性和自觉性？”
自此之后，曾氏开始真诚地“三省吾身”，每日都要反思检查自己的言行是否符合政治形势和党的要求。当中共提出要“完成台湾与祖国统一大业”时，曾昭燏立即按“上边”的要求，通过国际广播电台三番五次地对台广播，用现身说法规劝对方“弃暗投明”，赶快想法离开那个“水深火热的孤岛”，重新投到人民的怀抱，享受幸福自由的生活云云。身在广播室的曾昭燏心中明白，当局之所以选她出来对台广播，并不是因为她的北京或南京官话说得地道，也并不是她的官帽子足以震慑台湾群僚，实在是因为她的家族有许多重要亲友云集台湾。这些直系亲属又与国民党许多官僚有着千丝万缕的联系，如毕业于西南联大生物系的曾昭楣，夫婿是谭延闿的公子谭季甫，而谭季甫的妹妹谭祥则是台湾国民党政府“副总统”陈诚之妻。曾昭燏二嫂俞大絪虽留在北大西语系继续任教，但她是台湾国民党“国防部长”俞大维之姊、傅斯年之妻俞大綵的姐姐。这些盘根错节的关系，令当局对曾昭燏格外看重又放心不下，她必须如实交代且要表明自己的态度。
遥想当年，曾昭楣就读于西南联大时，其母于1939年冬在昆明惠滇医院病世，当时正在大理与吴金鼎、王介忱组织考古发掘的曾昭燏，于11月23日得到消息，她在当天的日记中载：“下午归，连接二电报一为母亲病重，一为母亲弃养，晴天霹雳，梦寐未曾想到！！！伤哉！遂为无母之人，此生尚有何趣味也！”26日，曾昭燏赶回昆明，与亲友相见，“惟有痛哭而已”。料理了母亲的丧事，曾昭燏对两个时在西南联大读书的三妹昭鳞、四妹昭楣主动承担起关爱的责任。对此，曾昭楣回忆说：母亲去世后，“燏姐待我，姐兼母职，自己节衣缩食，每月汇我用费从不间断，如昆明有轰炸，必从大理来信问讯，真是无微不至，直至我婚后”。正是这种亦姐亦母的双重身份，曾昭燏才当仁不让地插手妹妹的婚事并产生了影响。
关于四妹曾昭楣的婚事，曾昭燏在《自传》中说：“一九四五年抗战胜利以后，她在重庆和刚从欧洲回来的谭季甫订了婚。谭是曾任伪国民政府主席谭延闿的儿子，当时为经济部次长谭伯羽的亲弟，当时为国防部部长陈诚的妻弟。那时我正在从川西李庄来到重庆，昭楣和谭季甫已经相好了，我对于这段婚姻没有反对，而且在他们订婚以后，我促成他们在10月结了婚。”事实上，对于这门婚事，曾昭燏不但没有反对，还做了一些牵线撮合的工作。据俞大缜女儿彭鸿远口述，曾昭楣与谭季甫之婚姻，曾昭燏出力甚大，因“我的母亲俞大缜与陈诚妻，即谭家的女儿关系极好”。通过俞大缜与陈诚之妻牵线，曾昭楣与谭季甫接上了火。曾昭燏闻讯后，对这门亲事极表赞成，再度添柴加油，使这对年轻恋人的欲望之火越烧越旺，有情人终成眷属。作为姐姐的曾昭燏为何要扮演这样一个角色，她在《自传》中有如下交代：
谭季甫是在国外学了14年冶金的工程师，学问和技术总是不存在问题的，人又老实，昭楣嫁给他，总算有个依靠……昭楣到他家去，不至大吃苦，关于谭家与陈诚的亲戚关系我也想过。我认为陈诚在国民党军人中是一个比较廉洁的人。没有旧军阀那许多坏习惯，昭楣在那里，不会学坏的。而且这时毛主席到了重庆，我对国共和谈还抱着很多的幻想，认为在全国人民一致要求之下，这个仗打不起来。再退一步想，便是打起来也是国家大事，我们管不了。好在谭季甫是技术人员，不一定靠亲戚吃饭……我还保留着浓厚的封建意识对于妹妹只是溺爱，只希望她嫁个有钱有本事的丈夫，可以享福。
曾昭燏自以为当年管不了的“国家大事”，如今像一把利剑落到自己头上，且非让她表态“管一管”。她必须硬挺着身子表明立场，且在对台湾亲友的公开政治表态和广播讲话中，显得异常激烈，势如冰炭甚至仇寇，如此方能过关。曾昭燏这样做了，且做得还算令当局满意，因而尚未引来大的麻烦。令她想不到是，按倒葫芦起来瓢，海外的亲属刚刚按住，国内的亲属却接二连三的“出事”，痛苦与恐慌随之加深、加重。
1957年，曾昭燏最敬重的二哥曾昭抡因提出所谓的“反党反社会主义的科学纲领”被打成右派，同时撤销高教部副部长职务，发配到武汉大学接受监督改造。两年之后的1960年，曾昭抡身患网组织细胞癌和非典型白血病，生命受到严重威胁，不得不住院治疗。这一不幸遭遇，除曾昭抡和夫人俞大絪，也给在南京的曾昭燏带来极大痛苦，而这种痛苦和焦虑才刚刚开始。
曾昭燏的大哥昭承赴台后，他的儿子曾宪洛随父赴台，后又回到南京迎接共产党解放。与胡适之子胡思杜不同的是，在四十年代末，就读于金陵大学的曾宪洛就成为中共地下党员，并开始按中共的要求展开政治活动。据早年毕业于金陵大学历史系的章开沅回忆：1948年前后，“金大中共地下党员根据教会学校的特点，利用基督教团契的形式来团结、教育有进步倾向的同学。我曾参加的是‘爝火团契’，主要由金大和金女大历史系学生组成，具体负责联络这个小团体的是地下党员曾宪洛。团契活动一般是举办读书会，共同阅读进步书刊并交流心得。记得我们有一大皮箱书籍，包括莫斯科中文版的《国家与革命》、《列宁主义问题》、《联共党史》以及延安出版的毛边纸《新民主主义论》、《论联合政府》等。”
大约在1955年“肃反”运动后期，由于曾宪洛的家庭出身问题，被组织上“劝退”（勒令退党），自此曾宪洛失去了党籍。他本人自视一贯追求中共，仅因“出身不好”被视为阶级异己分子而横遭打击，情绪大坏，身体也渐渐衰弱下来。到了1957年6月，曾宪洛和好友肖亦五等人发起组织了一个叫做《江南草》的刊物，撰写一些政论文章，8月即被报章点名批判，曾宪洛被打成右派分子，遭到批斗围攻，继之被放逐到一个偏远农场劳动改造。1961年，曾宪洛难以忍受劳改农场的非人生活，在一个月黑风高之夜晚翻越围墙铁网，潜逃回南京，并翻墙进入陈方恪家。陈方恪是陈寅恪的七弟，属陈氏家族兄弟中唯一风流倜傥，不拘小节的文人，精通版本之学，时正在南京任《江海学刊》编辑，专门审读文史方面的稿件。陈家与曾家有“三世之交”，此时陈方恪见曾宪洛深夜潜入，先是大惊，待问明情况后
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