内容完全是妇人之见，所谓头发长见识短是也，遂于盛怒中弃之一边不予理睬，仍运用手中掌控的权力，指挥大队人马按原计划迁运中央博物院筹务处所藏珍宝。1949年1月14日，国民政府行政院院长室再度举行第三届理事会第四次会议，出席会议者有朱家骅、张道藩（洪兰友代）、徐森玉（杭立武代）、萨本栋（钱临照代）、傅斯年、王世杰、翁文灏、胡适等，会议决定“尽可能将文物迁运台湾。留下文物，封存于该院（中博）及朝天宫故宫博物院仓库内”。这个决定，仍遭到曾昭燏反对，但无济于事。
自1948年12月至翌年4月，中央博物院筹备处文物分三批运往台湾，总数为852箱，其中包括殷墟卜辞、毛公鼎等出土文物和宫廷文物，皆为国之重宝。曾昭燏眼见自己保管的藏品大势已去，在极度悲愤又无可奈何的伤感中，于1949年4月18日在上海与徐森玉、陶孟和、王家辑、吴有训、周仁等学术界著名专家、学者联合发表公开信，强烈呼吁把运往台湾的文物古籍重新运回大陆，以表明自己的政治态度和所站位置。就在这短暂而混乱的非常时期，曾昭燏与陶孟和因思想与政治观点相近逐渐走到一起，并结成了政治同盟。在国民政府属下几个中央级的人文科学研究机构中，陶孟和与曾昭燏是国民党风雨飘摇中留在大陆最为坚决和高调的两位负责人，而中共控制局势后对二人加以重用也缘于此。
当时曾氏家族及亲友已有许多人在大混乱中出走台湾或香港，如曾昭燏的大哥曾昭承，弟昭拯，妹曾昭楣和妹夫谭季甫，堂姐曾宝荪、堂兄曾约农，另有至亲俞大维家族等，而迁台或香港的大多数亲属都劝其随之前往，曾昭燏不为所动而留了下来。傅斯年赴台之前，特地找曾昭燏约谈，劝其一同赴台到台湾大学教书或做专门的学术研究工作，并谓像曾昭燏这样的家庭出身与社会关系，若留在大陆绝不会被共产党所容，而且她在博物院工作十几年，不知得罪了多少人，将来一定有人乘机报复云云。此时曾昭燏虽在感情上仍对傅斯年感恩戴德，敬佩有加（南按：有人考证曾氏一直暗恋傅斯年），但在政治上已成了两股道上人，因而当场拒绝，傅见事不可为，满含伤感地默默离去。
1949年3月某日，居住在南京五台山的曾昭楣即将与丈夫谭季甫携家飞台北，此时解放军已饮马长江，进入渡江的前夜，南京混乱不堪，大街小巷流窜着各色满脸恐怖哀愁逃难的人群，车站码头更是人满为患，逃生的最大通道下关码头人山人海，不时爆出叫骂与厮打之声，满面的尘土伴着汗水和鲜红的血水在乱拳挥动、棍棒飞舞中喷洒流淌，哭爹喊娘之声不绝于耳，荡漾散发着脂粉气息的六朝古都，再度由天堂变成了人间地狱。在这样一个大背景下，曾昭燏得到妹妹出逃的消息，立即驱车赶到五台山谭公馆探望。这段经历给年轻漂亮的曾昭楣留下了终生难忘的印象：“三十七年冬要从南京撤退来台时，某日清晨燏姐来五台山我家，将她所分得的亡母遗物：金手镯、翠玉镶、金戒指各一只赠我，并谆谆叮嘱，说她孑然一身（燏姐终身未婚），留饰物无用，要我好好保存，想不到这就是我们最后一面。”曾昭楣是曾氏家族成员在新中国成立之前出走海外的最后一人。从此姐妹天各一方，人海两隔，再也没能相见。
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