既然社会科学研究所已不复存在，陶孟和的兼职所长也自然随之化为乌有，他成了一个被架在空中的光杆副司令，晚年的人生也随之步上了另一段高耸云端、摇晃不止、虚无缥缈的天梯。他在忽忽悠悠的腾云驾雾中，身心俱疲，精神几欲崩溃，再次发出了久积于心的“梦想是人类最危险的东西”的呼喊。尽管他的呼喊有些声嘶力竭，但没有人乐意回首一听，其尴尬情形从担任中国科学院党组书记兼副院长的张稼夫回忆中可以看出，张说：“在科学院工作时期，我们相处得十分融洽，科学院的重大事项，郭老、李老、竺老、范老（范文澜同志）和我都事先交换意见，统一思想，然后再交院务会议通过。”
在张氏提到的几位科学院大佬中，唯独没有陶孟老，这当然不是作者的疏忽。既然陶孟和还坐在副院长那把尽管有些摇晃但尚未彻底翻倒的椅子上，这“事先交换意见”的程序，按院章规定也应有他的一席，可遗憾的是陶孟和确实已经没有“席”了。一位中科院的老科技干部后来也有类似的回忆：郭沫若因有副总理头衔，事情多，交往忙，平时难有时间顾及科学院的事。张稼夫1956年因病调出后，与其一字之差的张劲夫人主中科院，从1956年到1967年，张劲夫实际领导科学院，成为事实上的一把手。陈伯达、李四光都在科学院外有事忙，做事务的副院长就是竺可桢、吴有训（南按：1950年12月出任副院长）。这位老科技干部又说，科学院的副院长通常也没有掌大权，大权是科学院党组，党组成员行政职位可以不高，但是决策权在党组。如果党组书记愿意，可以给科学家院长副院长一些权。如果现在谁以为当时的副院长在决策圈里面，那就搞错了。实际上张劲夫的党组成员有裴丽生、杜润生、秦力生、谢鑫鹤、武衡、郁文等人。
这个时候的陶孟和显然被踢到了圈子之外，成为一个悬在空中可有可无的影子。时过境迁，痛失地盘和人马的陶氏自知再拉杆子转战二龙山，重登梁山聚义厅或忠义堂的时代一去不返，只好把花白的头颅埋于中科院图书馆（南按：陶兼图书馆馆长）一摞又一摞的故纸堆中寻找一丝精神的慰藉。但慰藉也不是那么容易找到的，有时不但找不到慰藉，反而带来更大的苦恼甚至羞辱。曾在中科院编译局任职的赵俪生，对陶氏的经历有过这样一段回忆：
郭沫若，我从小对他的文章有好感。在初中时，我读到他那情书集《落叶》，“你那飘浮在逝水上的浇叶啊”，我常常吟诵。又读了他的短篇小说《叶洛提之墓》，这是一篇“盗嫂”的故事。还读了他的译品《茵梦湖》，开头几句我一直能背，“一日晚秋薄暮，一老人衣冠楚楚，徐行走下城市”……这一切都说明，一开始我对他并无反感。
反感，是自到科学院以后。我是院长副院长学习小组组长。……我亲眼看见他拍着桌子训斥吴有训和陶孟和。吴有火性，不服，跳起脚来同他吵；陶则安安稳稳地承 受这种凌辱，其状甚惨。于立群当时并不是科学院人员，但也搬一把椅子坐在郭老身后帮腔，说三道四。
我忍不住了，就写信给当时设在王府井大街南头路西的《人民日报》，说有情况要反映，他们打电话约我傍晚7点到报社。我去了，当时还没有录音机。有四五台打字机围在我周边，啪啪啪啦价打。但最使我吃惊的，是事隔一月，我收到一封复信……前一段是“应酬”的口气……后一段就厉害了，“但是”（一个“但书”，毛泽东就几次阐发过“但书”的重要作用）说毛主席教导说，假如拿敌对的态度对待同志的话，那么我们自己的立场就不知不觉站到敌人那方面去了。“谨供您参考”。好家伙！这不就是说，谁给郭沫若提意见，谁就是反革命吗？
因了赵俪生对郭沫若的霸道作风表示不满，很快被当权者踢出圈外，另谋生路去了。而此时的陶孟和尽管政治上失落，人格上遭到羞辱，内心悲郁愤懑，几有屈原忧心愁瘁，彷徨山泽，经历陆陆，嗟号昊天之悲苦。但身为一个立志以科学报国的知识分子，出于文化良知和对社会的责任，仍有屈原“思君念国，忧心罔极”的悲悯情怀。1951年之后，陶孟和对中国大地兴起的一连串“知识分子改造运动”，以及运动之后学术研究工作仍一筹莫展的状况甚为焦虑，言谈中经常带出一些不满情绪，最后终于将积忧愤懑爆发出来。当此次举行声势浩大的批判曾昭抡等六教授“反党反社会主义科学纲领”大会时，陶孟和眼见中科院的主要领导和大小分子登台发言，一个个龇牙咧嘴、大呼小叫，没有辛酸泪，只有荒唐言，且神经兮兮地对曾昭抡等进行“愤怒声讨”，对此不以为然，不满情绪更加外露，认为曾昭抡们搞出的那个科学纲领并没有什么大错，即使有错亦不能如此上纲上线地批斗。想到这里，遂与郭沫若为首的批判者叫起板儿来。
经陶孟和一顿搅局，狂叫者的气焰稍有收敛。但最后的结果据当年社会学所研究员巫宝三说：“有人借机散发了陶孟和平时对党不满的言论，大概由于受到领导上的保护，陶先生后来没有成为批判对象。”也就是说，有人想借机拿陶孟和在会议上搅局一事开刀，但最终未能开成，其内在缘由巫宝三猜得不错，的确是受到领导上的保护，且这个保护的“领导”，就是“坐地日行八万里，巡天遥看一千河”，发动并遥控运动形势的毛泽东本人。早在1957年整风初始，当政者动员知识界大鸣大放，意为“引蛇出洞”时，满面真诚的陶孟和乘“鸣放”的东风，稀里糊涂地发表了自己的“高见”，认为“旧知识分子之未得其用……以中国干部之缺乏，有材者不用，而无材者充数，以致酿成许多混乱。”到了整治曾昭抡等“六教授”时，陶受到惨烈的批斗场面刺激，开始反省并认为当权者不能这样做，特别是科学人才集中的中国科学院更不能以这种形势上纲上线地整人，遂自己跳出来与郭沫若等人叫板儿。主持会议的郭沫若自然不把陶孟和当一盘菜，于是决定反制，将陶氏踢出圈外，或干脆打翻在地并踏上一只脚，赐给他一顶“钢盔”（南按：各类反动分子帽子的别称）戴着，但几个月下来仍没有成功，此事连郭沫若都有点不解。这年9月，当“反右”进入高潮时，中国科学院连续开了三天大会，集中火力批判费孝通、吴景超、陈振汉、李景汉等四教授的“恢复资产阶级社会学和经济学的政治阴谋”。会议由郭沫若主持，许多所谓的科学文化界名流都加入了这个把对方“批倒批臭”的运动行列。就在各色人等怀着不同目的纷纷登台声嘶力竭地大加鞭挞时，素不习惯在大会上发言的陶孟和又出人预料地报名登台发言，他一张口就令众人大吃一惊。陶说：“在社会主义社会里，人们相互间的关系和社会的进步，依靠的是友爱，而不是仇恨，知识分子应发挥他们的作用，而不应受到敌视。”最后，陶孟和脸色铁青地大声疾呼：“反右斗争对知识分子是一场浩劫！”——后来在社会上兴行和广为流传的“浩劫”一词，就肇始于陶氏这次伟大而冒险的发言。
陶孟和此言一出，众皆惊悚哗然，认为仅凭这一个“浩劫”，打成反革命并拿入大牢，再抬上老虎凳，捏着鼻子灌一顿辣椒汤已成定局。陶的言论很快被写成专门报告呈送到周恩来办公室与毛泽东的书房，最高当局盛怒之下，一度曾把陶氏内定为“右派”加“反革命”双重分子，后来毛泽东经过反复思虑又改令手下对陶孟和提出警告，终没有将其置于死地。内中原因，据说是陶的两层非凡的人脉背景使他在极度的危难中免遭压顶而来的“浩劫”。第一，陶孟和为南开中学的开创者之一，属于周恩来的师辈人物，并与周一直保持着良好的师生关系。另一个更为重要的原因是，陶在北大任教的1920年，毛泽东在长沙时代的老师兼准岳父杨昌济教授病故，当时杨家来京不久，无依无靠，生活艰难，且杨教授生前有几个钱都赞助了欲出国勤工俭学的学生。在这种处境下，是蔡元培、马寅初、胡适、陶孟和等四人联名刊登启事，向北大师生征集赙金，并料理了丧事。丧事办完后还剩了一点钱掌握在杨夫人手中，准备以后生活所用。当时杨昌济的女儿杨开慧受毛泽东的影响已加入社会主义青年团，并准备与毛正式结婚，但毛泽东却根据当时的形势要回湖南创办文化书社，只是缺少资金一时无法离开，在这种情况下，杨开慧便动员母亲把父亲办丧事剩下的那笔钱拿出来交给毛泽东，作为创办文化书社的资金。毛在感谢杨开慧母女的同时，自然知道这笔来之不易的钱是蔡、马、胡、陶等四人发起呼吁捐助的，因而毛泽东对上述几位教授的情谊刻骨铭心，念念不忘。正是念及这段旧事，毛才手下留情，没有对陶采取严厉行动。也正因为毛感念这段旧情，马寅初才成为后来的北大校长。而“成为美帝国主义走狗”的胡适在遭到中共控制的文人策士们一阵口诛笔伐，被批得体无完肤之后，毛泽东于1957年2月16日在颐年堂接见政协知识分子代表时，就胡适的是非曲直、功过是非，说了一段出乎众人意料，且意味深长的话：“胡适这个人也真顽固，我们找人带信给他，劝他回来，也不知他到底贪恋什么？批判嘛，总没有什么好话，说实话，新文化运动他是有功劳的，不能一笔抹杀，应当实事求是。21世纪，那时候，替他恢复名誉吧。”这是作为政治家的毛泽东出于政治的考虑，对当年争取胡适和清除胡氏“毒素”的无奈，也是作为一个普通人对旧情无法割舍的感念之举。而其他的自由主义知识分子，如已赴台湾、香港的傅斯年、钱穆或留在大陆的冯友兰等辈，一生都没有等到，也不可能等到这句令人思之感伤的心里话。所谓“行下春风才有秋雨”，其根源就在于此。陶孟和躲过了一劫，三生有幸，可谓当年烧香布施找对了庙门。否则，性命忧矣！
1949年8月16日，身居在美国的胡适在给赵元任夫妇的信中谈到一些留在大陆的故友，对大陆的变化及朋友们的出处表示了深情关切。在谈到陶孟和时，胡适引述故友沈怡，也是陶孟和郎舅的来信，谓陶在京沪“很活跃”，并说“他是道地好人一个，可惜自己太无主意，并且容易冲动，于是别人的见解都成了他自己的—套看法”。这个评价是否公允，自是仁者见仁，智者见智，但性格就是命运，作为陶孟和后半生的生活与精神状况，确是令人为之扼腕一叹。1960年4月17日，陶孟和心怀郁闷孤寂之情赴上海参加中国科学院第三次学部会议，突发急性心肌梗塞，经抢救医治无效不幸去世，终年72岁。
藏海花
老九门
美人为馅
分手再说我爱你
赏金猎人
诡灵道士