坐上台大校长交椅的傅斯年，再度“聊发少年狂”，施展出当年敢打硬冲，“凡事先骑上虎背”的本领，对台大积习实实在在地来了一番大刀阔斧的改造，不论是通过谁的条子和门路，后台有多硬，凡不合学术水准，滥竽充数的教授，全部驱逐出校门。校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出几个月，傅斯年抡圆了手中的权力之刀，如同切西瓜一样“稀里咔嚓”，将七十余名不合格教授与职工切掉，赶出校园。自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。许多年后，无论是傅的追捧者还是被赶走的对立面，在回忆这段往事之际，都不得不承认，假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起，奠定一个现代大学的基础，确是难以想象和不可能的。据陈雪屏回忆，傅赴台时健康情形已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水准的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”。也正由于世事纷乱与劳累过度，导致傅斯年英年早逝。
傅在台大的改革使一部分人为之叫好欢呼的同时，自然触及了许多权贵者的利益，令对方极为不快和恼怒。当时台大师生反对国民党腐败无能，以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅的对立面借学潮运动趁机发难。有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子，他们把持院系，排除异己”，把各院系变成培植亲共势力的温床等，企图置傅氏于不忠、不孝、不仁、不义的绝地。
傅斯年对台大师生特别是台湾一帮闹独立的土著反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝，对学生中有真凭实据的共产党员亦不宽容，每有发现均严惩不贷，其态度与他处理西南联大学潮时并无二致，曾不止一次地喊出了“让布尔什维克滚出台大！”的响亮口号。但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查，更坚决反对随意指责他人为共产党。当年西南联大爆发学潮，并闹出了人命，他在致俞大綵的信中谓西南联大学潮“地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀”等便是他做人处世的主张与原则。
正是缘于这一指导思想，傅斯年读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾及地以“他妈的！”开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措辞强硬的檄文予以反击：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”，“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，决不能含糊其辞，血口喷人”。最后声明：“反共须有反共的立场，贪官污吏及其他既得利益阶级而把事情办坏了的，我不能引以为同志。”傅氏声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
机会很快到来，1949年3月底，台湾省立师范大学与“国立台湾大学”学生联合闹将起来，并且高呼中国大陆的学运口号：“反内战、反饥饿、反迫害”等，引发当局的严重关切，认为台湾校园确实受到共产党的统战与渗透，必须捉拿主谋分子，给予严厉惩治。台湾省主席兼警备总司令陈诚，命令警备副总司令彭孟缉率部缉拿。4月6日，台北大批军警按预定计划闯入校园欲开杀戒，傅斯年对当局不经法律程序的进入台大校园内逮捕师生表示不满，亲自找国民党最高当局交涉，要求逮捕台大师生必须经过校长批准。傅对前往执行任务的彭孟缉道：“我有一个请求，你今天晚上驱离学生时，不能流血，若有学生流血，我要跟你拼命！”彭孟缉禁于傅的气势，不敢造次，遂当场保证：“若有人流血，我便自杀。”未久，台大被捕的学生多数放回，而师范学校不但近百名学生被送进监狱，还有7名学生以反革命罪名被枪杀。事件过后，省立台湾师大受到了停课整顿，师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而国立台湾大学虽受波及，但比之师大要好得多，此皆得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。许多年后，台湾师大师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，几乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而对傅斯年夸赞不绝。
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生精神层面上的心灵寄托。
这年1月，风浪再起，校外校内传言傅斯年“将去国，将辞职”。针对传言，傅氏在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
正是这种内外交困局面与本人刚烈不屈的性格，导致傅斯年血压骤然增高，身体很快垮了下来。1950年夏天，傅身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
像冥冥中有一种渊薮，傅斯年于心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一头扎进了烟雨迷濛的黄泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回忆：“三十九年十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说，你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。”
傅氏说到这里，俞大綵一阵心碎，欲哭无泪。尽管当时台湾的经济状况极度混乱糟糕，但比抗战时期在昆明和李庄总要好一些，傅斯年作为当时台湾岛内唯一一所大学校长兼“中央研究院”史语所所长，一般人也许觉得他不该再像李庄时代那样闹穷了，殊不知当时傅领的只是台大的一份薪水，时儿子傅仁轨仍在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来一算，只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸亏我还有没破的裤子，那就只买件上衣吧。”
在这个暗伏不祥之兆的冬夜，正当俞大綵为家中的穷苦生活黯然神伤时，傅斯年起身满脸疲倦地打了个哈欠，突然指着壁上的书架说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上刻孟真遗子之书几个字。”言毕，长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十余年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”俞大綵听到这里，大为惊骇，急忙起身捂住了傅期年的嘴巴，没让他继续说下去。
后来俞大綵回忆这个夜晚的凶兆时说：“我一向不迷信，难道这几句话就是他的遗言？夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭已化成灰，我猛然感到一阵透骨的寒冷。”
不数日，当董作宾含泪把稿费送到傅家时，俞大綵双手捧着装钱的信封，悲恸欲绝，泣不成声。用心血换取的稿费到来了，但此时的傅斯年已命归黄泉，不再需要为自己的双腿做御寒的棉裤了。
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蒋梦麟召集的农复会的一次会议，讨论农业教育改进和保送台大学生出国深造问题。会上，傅提了不少意见，据现场的人回忆说，他一会儿用汉语讲话，一会儿用英语和美国人交谈，一会儿汉英交杂，滔滔不绝地大发宏论。两个多小时的会议，他讲的话比任何人都多。午饭后稍事休息，傅又于下午2时许赶往省议会厅，列席台湾省参议会第五次会议。这一天，参议会所质询的问题全是有关教育行政方面的事务。会议开始后，傅斯年登台讲话，但主要由时任台湾省教育厅厅长陈雪屏作答。大约到了5点40分，参议员郭国基突然站出来质询有关台大的问题。这郭国基乃台湾省屏东人，生于1900年，曾留学日本。此人好勇斗狠，在日本留学时，他就开始率领一些志同道合者，打起“苍天已死，国基当立”的大旗或明或暗地搞运动。抗战胜利后，他对国民政府派员接收台湾极不甘心，开始纠集蒋渭川、王添灯等一批人，与以国民政府接收大员陈仪为代表的台湾省行政公署官员公开叫起板儿来，对大陆赴台军政官员极尽丑化、污蔑之能事。尚以铁腕著称的陈仪对台湾人在日治时期的遭遇、命运深表同情，因而保持了克制，迟迟不忍动武，并有些浪漫地一直认为自己的善意总有一天会得到同样的回应。但不久之后情况急速恶化，终于在1947年2月28日因当局取缔私烟的事件，引爆了一场社会暴乱。以台湾土著郭国基、蒋渭川、王添灯等为首的人，召集本岛内部与海南岛等地归台的群众，成立了“台湾省自治青年同盟”、“大同青年同盟会”（服役日军陆军者）、“海南岛归台者同盟”（海南岛归台者）、“若樱敢死队”（服役日本海军自杀艇队员）等组织。而王添灯拟组织台湾省临时民主自治政府，自任主席。各种运动组织一时聚集了十余万众（一说共14万人），联合一处，兵归一家，成立联军，身穿日本浪人服装，其编制一如日本军队，带队者自封队长，肩扛长枪，挥舞东洋刀，高唱日本国歌，甚至叫喊“皇军马上就要回来了”等口号，开始疯狂地攻击、占领台湾长官公署与台湾广播电台，企图通过广播号召全台人民加入运动队伍。同时四处抢夺各地仓库之械弹、以大规模武装力量攻占军事要地，整个台岛浸染在一片暴乱枪声与血污之中。当时国民党驻台北军队不足千人，台当局陈仪等人采取保持克制的策略，未克弹压。但近2万大陆赴台军公教人员，如坠渊坑，面临着生命危险。短短几日，就被打死枪杀约200人，伤约800众。守台的国民党军队遭到攻击，开始反击。
事发当日，陈仪曾致电蒋介石：“奸匪勾结流氓，乘专卖局查禁私烟机会，聚众暴动，伤害外省籍人员。”但陈氏仍糊涂地认为事态不大，仅要求将21师部分兵力调返台湾即可（该师曾赴台接受日军投降，后大部撤回大陆）。陈仪的善意与克制，被郭国基、蒋渭川等人曲解成懦弱无能；陈氏的让步令对手以胜利者的姿态，步步进逼。在政府公署官员们被协迫与运动头目的谈话会上，高雄要塞司令彭孟缉应邀出席。郭国基狂妄至极，竟跳到桌子上指天戳地大肆叫骂，讥讽国民党军乃一群不堪一击的乌合之众，并指着彭孟缉的鼻子高声说道：“我怀疑你们没有什么战斗力。”彭孟缉意识到对方可能要攻击台岛要塞军事要地，遂乘间隙悄
藏海花
老九门
美人为馅
分手再说我爱你
赏金猎人
诡灵道士