1948年11月29日，共产党所属东北野战军会同华北军区主力共100万人，在北平、天津、张家口地区联合发起平津战役，与国民党军傅作义部60万人展开决战。12月12日，北平城被解放军包围，南苑机场失守，国民党军气脉已竭，力不能支，平津即将陷落。蒋介石急派飞机空投手谕致平津守军各军长，以鼓舞士气。手谕末尾以悲壮无奈的口气道：“固守待援，不成功，便成仁。”13日，北平西郊炮声隆隆，解放军发射的弹片从清华园上空“嗖嗖”掠过，校内师生及家属大为惊恐，纷纷逃跑躲避，清华陷入混乱。鉴于此情，校方只好宣布停课，师生员工自寻出路。
在国民政府风雨飘摇、大厦将倾的危急时刻，朱家骅、傅斯年、杭立武、蒋经国、陈雪屏等在蒋介石授意下，于南京紧急磋商谋划“平津学术教育界知名人士抢救计划”细节办法，很快拟定了“抢救人员”名单。名单包括四类：
（一）各院校馆所行政负责人；（二）因政治关系必离者；（三）中央研究院院士；（四）在学术上有贡献并自愿南来者。
计划既定，立即实施。南京方面急电北大秘书长郑天挺，令其迅速组织胡适等重量级知识分子火速南下，共商图存大计。密电到达，胡适却以筹备北大50周年校庆为由不肯起身，而接到电文的清华校长梅贻琦也磨蹭观望。当时北平出现了一股北大将要南迁的谣言，身为北大校长的胡适为稳住师生情绪，在积极筹备校庆活动的同时再三辟谣：“北京大学如果离开北平就不能称为北京大学了，所以决无搬迁之理。”事实上，面对解放军的咄咄进迫，胡氏曾有过把北平各大学迁往南方，再度成立像抗战中长沙临时大学或西南联大的念头，但仅仅是一个念头而已，尚未来得及详细筹划，解放军潮水一样涌来，国民党军在排空连壁的疾风猛浪中翻了几个跟头便成了缩头乌龟，躲在高大城墙包围的城中不敢冒头，只偶尔从箭垛的垛口，露出两只黑豆一样的小眼珠，滴溜乱转着寻找可以逃跑或投降的机会。面对这些乌龟王八蛋的软骨症加饭桶做派，胡适深觉失望，认为学校南迁无望。既如此，号称平津教育界“定海神针”的他，就面临着一个必须抉择的急迫问题——是留，还是走？而此时，鉴于胡适在中国政学两界不可忽视的巨大存在，共产党方面也加紧了对其拉拢、争夺行动。根据中共高层指令，几个地下党、原胡适的弟子纷纷潜入北平，通过各种方式、方法做胡的政治思想工作。早些时候已弃教职走出清华园，秘密潜入解放区等待出任中共高官的吴晗，曾专门指派嫡系找到胡适密谈，让胡留在北大，不要无事找事地跟着国民党乱跑找死。
当然，这次交谈，吴晗的指令不再代表过去自己向国共两党宣称的“我们人民”，而是代表“我们中国共产党”。但是，胡适没有听从这位前爱徒，现以高官大员自命者的指令，乃冷冷地回了一句：“不要相信共产党的那一套！”意思是我不相信，你吴弟子也不要悬在“两渚岸之间，不辨牛马”的阴阳界中做着美梦，还是早一点鞋底抹油——开溜的好。最后，胡适旗帜鲜明另加斩钉截铁地让来使告诉吴晗三句话：“在苏俄，有面包没有自由；在美国，又有面包又有自由；他们来了，没有面包也没有自由。”
吴氏知胡老师心意已决，遂放弃了努力，但共产党高层仍不死心，便以其他的方法进行心理攻势。据时任北大教授兼东方文学系主任的季羡林回忆，当解放军包围北平郊区时：“我到校长办公室去见胡适，商谈什么问题。忽然闯进来一个人——我现在忘记是谁了，告诉胡适说解放区的广播电台昨天夜里有专门给胡适的一段广播，劝他不要跟着蒋介石集团逃跑，将来让他当北京大学校长兼北京图书馆馆长。我们在座的人听了这个消息，都非常感兴趣，都想看一看胡适怎样反应。只见他听了以后，既不激动，也不愉快，而是异常平静，只微笑着说了一句：‘他们要我吗？’短短的五个字道出了他的心声。看样子他已经胸有成竹，要跟国民党逃跑。但又不能说他对共产党有刻骨的仇恨。不然，他决不会如此镇定自若，他一定会暴跳如雷，大骂一通，来表示自己对国民党和蒋介石的忠诚。我这种推理是不是实事求是呢？我认为是的。”老季又说：“因此，说他是美帝国主义的走狗，说他‘一生追随国民党和蒋介石’，都是不符合实际情况。”
直到1948年12月12日，胡适接到南京教育部长朱家骅亲自拍发的密电：“明天派专机到平接你与陈寅恪一家来京”，胡适才有离平的打算。当国民党派出的飞机飞抵北平上空时，南苑机场已被解放军控制，飞机无法降落，只能空返。14日，蒋介石两次亲自打电报摧促胡适飞南京，并派专机迎接。胡得此消息，决定乘机南飞，临行前，他派人劝辅仁大学校长兼好友、与陈寅恪齐名的史学大师陈垣共同乘机赴京，陈垣不从。令胡适想不到的是，不但老友陈垣不从，即使他的小儿子胡思杜也表示暂留在亲戚家，不随父母南行。这一拒绝令胡适夫妇大为吃惊，心中恼怒又不知如何是好。
1941年，胡思杜投奔在美当大使的胡适进入美国学校读书，1948年夏回到国内，8月30日到北平图书馆报到，成为北图的一名职员。据胡适办公室不挂名的秘书邓广铭回忆说：“当时胡思杜不愿意随胡适南飞，他刚从美国回北平不久，对国内这几年的情况不熟悉。他说：我又没有做什么有害共产党的事，他们不会把我怎么样。结果胡适夫妇就把他留下来了。”因事涉紧急，胡适无法也无力在短时间内做通这个脑后长有反骨的儿子的政治思想工作，眼见胡思杜周身充溢着一股年轻气盛，不知天高地厚的牛烘烘的叛逆气味，胡适夫妇颇感无奈，只好强压怒火，按照天要下雨娘要嫁人，或者儿要守家的古训——随其便了。胡适对儿子说了几句不要再像在美国读书时那样——整天出去吃喝嫖赌，正事不干，除了工作，要好好蹲在家中照看家产与书籍之类的话，便告辞而去。未久，胡适驱车来到邓广铭家中，急切地询问能否找到陈寅恪，并谓昨日南京政府来电，说今日派专机抵达南苑机场，“抢救”胡与陈寅恪等著名教授离平。胡打电话至清华问询陈氏的情况，告之已回城内，但不知具体落脚何处，因而要邓广铭想办法寻找。
1943年年底，陈寅恪辞别傅斯年邀请，自重庆携家绕过南溪李庄，径直赴成都燕京大学任教。到校后，与早些时候由史语所转赴燕大任教的李方桂一家同住学校租赁的民房，生活艰难。时陈寅恪身体极度虚弱，右眼失明，上课之后回到家中，仍在昏暗的灯光下用唯一的左眼紧张地备课和研究学术。1944年春，陈寅恪上课地点改在华西大学文学院，一家随之迁入华西坝广益宿舍，居住条件稍有改善。因物价仍在飞涨，陈家柴米不济，夫人唐筼时常犯心脏病，可谓饥病交迫，令人心焦。在此种情形中，陈氏每个星期都要身穿长衫，夹着包袱到教室上课。因生活困苦，营养不济，陈寅恪左眼视网膜剥离加重，终致失明。这年11月23日，陈寅恪给傅斯年与李济的信中写道：“弟前十日目忽甚昏花，深恐神经网膜脱离，则成瞽废，后经检验，乃是目珠水内有沉淀质，非手术及药力所能奏效，其原因是滋养缺少，血输不足（或其他原因不能明了），衰老特先，终日苦昏眩，而服药亦难见效，若忽然全瞽，岂不大苦，则生不如死矣！”
关于陈寅恪失明的经过，陈寅恪女儿流求回忆说：“一个早上，父亲突然发现两眼一片漆黑，失明了。先叫我通知他当天不能上课，随后往进存仁医院。”又小彭笔记：“父亲在存仁医院由眼科医生开刀。听父亲说，在成都开刀时手术不怎么理想，视网膜皱在一起，以后虽到英国医治，已无法再弄平。”1945年2月，陈寅恪作《目疾久不愈书恨》表达自己愤懑哀惋之情。诗曰：
天其废我是耶非，叹息苌弘强欲违。
著述自惭甘毁弃，妻儿何托任寒饥。
西浮瀛海言空许，北望幽燕骨待归。
先君柩暂厝北平，待归葬西湖。
弹指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣。
诗中的“西浮瀛海言空许”句，指几次欲赴英讲学而未成行，这个心愿直到抗战胜利之后方才得以实现。
1945年秋，英国皇家学会与牛津大学为实现以前的承诺，再次邀请双目失明的陈寅恪赴伦敦，由英国医生疗治目疾，希望治好后留牛津讲学。陈氏接受邀请，由成都起程经昆明，转印度，乘水上飞机赴英，进入对方安排的医院接受治疗，但手术最终失败。陈夫人唐筼于1946年2月19日在成都致信傅斯年求援，并谈及史语所事，信中说道：“寅恪本有意随郭子杰兄结伴赴美国，看更有无其他方法补助左眼之模糊，又恐所带之款不够，此事正在踌躇中，请先生与骝先先生、立武先生一谈如何？”又说：“元白诗笺证稿筼已请人着手抄写，俟寅恪归来，再删改后即可付印。此项抄写费是否可出自史语所？大约三万左右（并未详细计算）。史语所何日出川？有何计划否？燕大成都方面整个的关门结束，教授之去留以北平、燕大之聘书而定，受聘者始能谈到回平的话。北平方面已屡来信拉寅恪（哈佛研究院只是研究工作），而寅恪尚无答复。先生之意如何？望有信直接寄英，以助其考虑。”
正在重庆和昆明之间为处理西南联大学潮焦头烂额的傅斯年接信后，作何努力与答复不得而知，但从后来的情况看，筹款之事似乎没有多大成效。在伦敦医病的陈寅恪，先是由著名眼科专家Sir
Steward
Duke-Elder负责诊治，第一次手术后有进步，但眼睛吸收光线尚无好转，仍模糊。第二次手术想粘上脱离之部分，失败。但情形似比出国时好一些，医告无须再施手术。陈寅恪尚存最后一线奢望，遂请在国外访学的熊式一教授，把英伦医生的诊断书寄给时仍在美国的老朋友胡适请求援助。胡托人将诊断书送往哥伦比亚眼科学院咨询，对方告之亦无良策，无法手术，胡适“很觉悲哀”，百忙中只好托在美访学的全汉昇带了一千美元给陈，以示关照。1946年4月16日，胡适在日记中写道：“寅恪遗传甚厚，读书甚细心，工力甚精，为我国史学界一大重镇，今两目都废，真是学术界一大损失。”另据小彭笔记载：陈寅恪“到英国后，由于第二次世界大战方结束，营养很差，虽用电针贴合视网膜，由于网膜皱在一起，无法复原”。自此，陈寅恪双目完全失明，一代史学大师将在黑暗中度过余生，其悲苦之状，令人浩叹。陈氏为此写下了“一生负气成今日”与“残余岁月送凄凉”之句，表达了自己悲观茫然的心境。
同年3月16日，唐筼再次致信傅斯年，谓陈寅恪“本拟赴美洲一行，今以种种不便，旅费亦不敷用，遂决定等船及觅伴归国”。同时提到“寅恪有书籍四箱，拟托历史语言研究所复员时同运至南京。事前筼可托五十厂便车先带至重庆，但不知可交与何人？乞先生酌，指定某处某人可接洽，并代为保管者”。最后又提及：“寅恪来书云：对燕大事已辞谢，大约欲回清华或回史语所专事著作。”
傅接信后，当即作了回复。就书箱之事，专门致信李庄指示由史语所文书兼图书管理员那廉君负责办理。而此时陈寅恪正在回国的轮船上。对这段经历，陈氏在清华时代的高足杨联陞曾有过一段回忆：“来美国留学之后，曾于1946年4月19日与周一良兄（当时青年学人中最有希望
藏海花
老九门
美人为馅
分手再说我爱你
赏金猎人
诡灵道士