史语所与中央博物院筹备处大队人马自李庄迁回南京，傅斯年满怀兴奋与欢喜，在中央研究院大楼的演讲厅设宴款待。为把宴会办得红火热闹，也为了让流离失所九年的故朋新友有个欢聚一堂的高兴、倾诉机会，特地邀请胡适自北平来京参加这场具有历史纪念意义的盛宴，胡氏欣然前往。
参加宴会的史语所研究人员张秉权许多年后还记得胡适初到的场景，只见这位光芒四射的士林盟主步入大厅，与众人一一握手致意，对于新进后辈，似乎特别客气。对一些家属小孩也是谈笑风生，亲切感人。傅斯年在一旁亦庄亦谐地称胡为史语所的“姑妈，娘家的人”。一会儿又当着众人的面大声呼道：“人说我是胡先生的打手，不对，我是胡先生的斗士。”此话引得大家一阵哄笑。大厅内主客欢喜，如沐春风中。
席间，最令人难忘的是傅斯年在演说中对史语所历次搬迁的追忆，当讲到抗战八年颠沛流离，艰苦卓绝的生活时，傅氏动了感情，说到动情处，几次哽咽泪下，在场的人受其情绪感染而热泪盈眶。最后，傅斯年端起酒杯，打起精神，满怀激情与信心地说了一些“庆祝大家都能幸运归来……从此之后我们可以安心工作，史语所八年的流离可说是告一段落了。搬回来之后永不搬迁”等充溢着温情与期待的话，众人的情绪渐渐由悲壮转为喜悦。这个时候，没有人想到仅仅是两年之后，史语所人员又仓皇辞庙，再度踏上了流亡之路。自1946年6月起，美国武装部队动用军舰、飞机协助，把150万国民党正规军调集到长江以北地区，其中有54万精锐为美国动用海空力量直接运送。蒋介石认为一举歼灭共军的时机已到，于6月22日，密令刘峙指挥部署在中原地区的国民党军队向各预定进攻地点集结。26日，开始大举进攻中原解放区。中共军队奋起还击，血与火交织的内战在满目疮痍的中国大地上拉开了大幕。
同年11月27日，蒋介石在南京召集“国民代表大会”，并发表讲话，谓：“这次修改宪法，就是为了打击共产党。”又说：“现在是本党的危急存亡关头，大家要听我的话，则有前途，否则完了。”话音刚落，众人惊骇，蒋氏的这一句“完了”，竟成谶语。
1947年6月，中共军队以损失30余万兵力的代价，歼灭国民党正规军与杂牌军达112万人。共产党所属部队由战略防御转入全国范围的大规模战略进攻阶段。同年12月25至28日，中共中央于陕北米脂县杨家沟村召开会议，毛泽东在报告中指出：中国人民解放军的主力已经打到国民党统治区域里去了，标志着中国人民革命战争已经达到了一个转折点，使之走向胜利的道路。同时强调：“这是一个历史的转折点，这是蒋介石的二十年反革命统治由发展到消灭的转折点。这是一百多年以来帝国主义在中国的统治由发展到消灭的转折点。”这次会议，为中共在新形势下夺取全国性胜利，从政治、思想、策略上作了充分准备。就在整个中国炮火连天，血肉横飞，国共两党杀得昏天黑地，不辨牛马之时。与杀人、砍头关系不大的中央研究院首届院士评选会议，又在乱象丛生的南京轰轰烈烈地搞了起来。面对这一行动，学术界意见不一，众说纷纭。1947年6月20日，傅斯年在致胡适信中道：“话说天下大乱，还要选举院士，去年我就说，这事问题甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台。大家不听，今天只有竭力办得他公正、像样，不太集中，以免为祸算了。”关于中央研究院院士选举事宜，早在抗战胜利初期，学术界高层即开始酝酿并有所行动，因内战爆发，迫使这一行动延缓下来。按照物理学家吴大猷的说法：“1947年由评议会筹办院士选举，先由各大学院校、专门学会、研究机构及学术界有资望人士，分科提名候选人，约四百余人。1947年由评议会审定候选人一百五十人。”吴氏所言在数字上与事实稍有出入，但大体套路不差。随着国内政治军事形势发展，筹办事宜在起起伏伏中又拖延了一年，到1948年初，中央研究院评议会评议员再次提出，无论战争局势如何发展，一定要在中央研究院成立20周年之际作最后一轮选举，评出首届院士，以为科学、民主争得地位和荣誉，并为后世开出一条关乎国家民族命运的光明道路。
按原定计划，院士选举分为数理、生物、人文三个组。由中央研究院代院长朱家骅总负其责，总干事萨本栋负责数理、生物组；胡适、傅斯年、李济、陶孟和等人负责人文组并提出候选人名单。最后由中央研究院评议会评议员提出各自的意见并投票选出。
在第一轮正式推举之前，作为人文组主要决策者胡适，于1947年5月22日发出的“中央研究院第一次院士选举‘人文组’的‘人文’部分拟提名单”如下：
哲学：吴敬恒（稚晖）、汤用彤、金岳霖。
中国文学：沈兼士、杨树达、傅增湘。
史学：张元济、陈垣、陈寅恪、傅斯年。
语言学：赵元任、李方桂、罗常培。
考古学及艺术史：董作宾、郭沫若、李济、梁思成。
人文地理民族学｝想不出人名。
1947年6月19日晚，傅斯年于南京写信致北大校长胡适，谓：“一月多以来，生病，事忙，心绪不佳，等等。未写信，北望至念也。十五号船挤下来（非我改），现买到二十九号Gor－don票，必行矣。”
傅氏信中所言，是他欲赴美治病一事。经过与孔宋集团几年的大战并取得胜利，傅斯年已身心俱疲，心脏不堪重负，无力坚持工作。同时也为躲避孔宋集团可能失去理智而雇凶杀人等血腥报复，在友人劝说下，傅斯年决定抛下各项事务携家赴美治病疗养。就在写这封信的第二天，即6月20日，傅斯年就院士评选事宜再致胡适一函，并透露了自己推荐的名单，内中说道：“日前开会商量应该在提名中不忘了外（部）名单（不必即是举出，此会尽力，不能包办也），想南方人士而不可多得，兹将当日所写之名单送上一看，但请千万秘密。”名单如下：
有涉人文组者：
（一）人文与社会科学平等数目，殊不公，因前者在中国比后者发达也。孟和原单标准甚低，减后如引。我看人文方面非二十人不可，分配如下：
中国文学四；史学六；考古及美术史四；语三；哲三。
我个人觉得以上单子，可如下分配：
中国文学：（1）吴。（2）胡，以上关系文学风气者。（3）杨树达，经籍考定。（4）张元济，古本流传，泛言不能，专就百衲本言，因此者校勘记并未刊行也。
史学：（1）陈；（2）陈；（3）傅；（4）顾颉刚；（5）蒋廷黻，近代史当无第二人；（6）余嘉锡或柳诒徵。柳不如余，但南方仍不可无一人。
考古及美术史：（1）李济；（2）董作宾；（3）郭沫若；（4）粱思成。
哲学：汤、冯、金。
语言：赵、李、罗。
傅斯年所列“人文”名单中的候选人姓名，分别是：
藏海花
老九门
美人为馅
分手再说我爱你
赏金猎人
诡灵道士