胡适在上海稍事停留即转赴南京述职，7月29日晨乘机飞往北平。为表示对这位儒林盟主的敬重之情，在北平的党国大员李宗仁、萧一山、吴铸人，以及北京大学的傅斯年、郑天挺、汤用彤、郑华炽等名流大腕专程到机场迎接。略显苍老、疲惫的胡适在众人簇拥下，驱车进入城中，透过车窗看到久违的北平城，胡氏感慨万千，在当天的日记中记载道：“九年前今晨，二十九军退出北平。九年前昨日，我从庐山飞到南京。次日始知平津皆失陷了。”想不到九年后的今天，骄狂的日军早已无影无踪，历尽劫难的北平重新回到中国人的怀抱，而胡适又以北大校长的身份重回故园，只是与9年前相比，自己两鬓斑白，已不再年轻。而此时的北大，也不再是当年的北大了。
此前的一年里，尽管傅斯年出于义气与对母校北大的爱护加责任，以自己的大炮性格与超人的处事能力，替胡适“打平天下”，让归国的胡校长坐享其成。但傅也清醒地认识到问题的复杂与现实的残酷。抗战胜利之后最初阶段，傅斯年曾多次致电在美国的胡适，汇报学校复员情形，力促胡氏早日归校执政，并谓“此时关键甚大，斯年冒病勉强维持一时，恐不能过三个月”。但胡适却滞留美国迟迟不肯露面，傅斯年大感棘手与苦恼，1945年10月17日，傅斯年致长信于胡适，汇报北大复员事并催其速归，信中道：“一般社会，未尝没有人以为来势凶猛（宋江出马，李逵打先锋），因而疑虑。最苦的是我，孟邻先生未尽谅解，又替骝先惹事，所以只有请先生早些回来，然后可以一切照常。我这些天精神在极度的不安与紧张之下。出席联合国教育会议，又出了事。李石曾以未派他，大攻击骝先，宋子文于是不使骝先去，骝先与子文共事更难，又介公支持骝先，故骝先辞也辞不掉，只是活受罪而已。介公对李印象极恶，故李似乎做不出大事来，但今日教育界复员，极其困难，骝先性情倔强（犟），能支持到何时，全不可定。北大事骝先绝对支持的，然前途既如此，只有坚忍做去，无论前途如何，我们抖起精神去干，总可以比得过（outlive）这些妄人。”又说“北大回后，大家也要复原。北平师范大学，骝先允其重设北平师范学院，他们还争‘大学’，这我看实无关系。而北平大学也闹复原（李五支持），简直是与我们捣乱。骝先决不放松，介公也不要他回复，但是还未了。……为我们北大事，弄出这些纠纷，以至李五要打倒骝先，以后此公的事，子文与骝先之不易合作（他们原是好朋友），恐怕还多着呢！”
除了涉及、解决这些狗扯羊皮的人事纠纷，傅斯年还以极大的热情，向胡适谈了他的办学计划、院系设置以及人事聘用等敏感问题，如：
哲学（汤）：此系中坚分子为汤、陈康（治希腊哲学）及约定之王君（维也纳学派逻辑家），另有贺、郑。
国文系：二罗皆愈来愈糟，孙子书、孙蜀丞、俞平伯在北平苦苦守节（三人似可择聘），语言学亦有很好的人。此系绝对有办法，但主任无人。
史学系：从吾、毅生、子水、向达。非大充实不可。受颐必须拉回，愈早愈好。此系，史语所可以有人补充，周一良、王毓铨、胡先晋，乞先生一斟酌，就地决定。
理学院各系：算学充实，可惜多在国外。物理很好，也可添人。化学，曾昭抡极热心，目下人太少。物［地］质空空如也了，但有办法，因北大当年早有此系，此系第二辈多是北大出身，易拉。（北大出身，不可多拉，以免门户，但国文、史学有学风关系，地质有特殊情形，难避。）法学院最糟，政治系不成样子，经济空虚，法律则几都是律师。
……以上诸事尽管纷乱，但总算有线索人头可寻，最令傅斯年头疼的是增设的几个学院，按照此前“复兴北大”的指导方针，朱家骅、蒋梦麟等政学两界大佬，积极主张复员后的北大增设工、农、医三个学院，以增加综合性大学的法码与气势。而傅斯年认为，工、医学院费钱太多，出力难以讨好，最看好的则是创办农学院，在致胡适的信中，傅氏以忧国忧民的情怀说道：“农学院甚有意思，在华北之将来，其用无穷，我们不能老坐而论道，我们总当与人民接近，总当负起改造社会的责任来，而且我们学校最大的毛病，是：学生一入学，便走大街，英文永远学不好。我想大可把一年级搬到城外去受严格训练，有个农学院，可以开这个端。……不过清华也要同时办，正商量中，或者出于‘分工合作’。”又说：“如果清华也坚持三十五年度办，教育部为难。但我们这些年与清华合作，清华得到安定，我们得到卑视——孟邻先生之情感，关于联大者，并非无其理由——所以我想这一点是不让他的。”傅氏决意不让对方，但清华也不是省油的灯，想方设法予以反击。傅斯年在接下来致胡适的信中说“追加复员费，此事曾引起清华、南开之冲动，闹得教育部甚为烦恼。”又说：“在教育部领到二百时，有我们五；四百时，有我们十；六百时，有我们十五；八百时，有我们二十。此已与骝先原则说好，他并无难色，因他人更凶也。周鲠生来信要三十，兼大骂。”
就北大而言，抗战时期与清华、南开共同创业的近9年，不能说所得到的只有被“卑视”，当然有他光荣与辉煌的一面，但傅斯年信中所述也不是信口开河，或者说空穴来风。事实上，清华凭借美国庚款的后盾、扎实的学风，以及几十年形成的一整套组织系统，在许多方面，其强劲的风头均盖过了北大与南开，这一状况令号称老子天下第一的北大同仁深感受失落，并产生受对方“卑视”，进而滋生了一些不便为外人道的芥蒂与怨愤心理。钱穆晚年在他的《八十忆双亲师友杂忆》中提到的北大同仁在云南蒙自联大分校，为文学院长由清华的冯友兰担任而不让北大的汤用彤沾边之事发生争吵，并向前往视察的蒋梦麟建议北大独立之事即属此类。尽管最后经钱穆解释，同仁们以抗战大局为重，“不再言”，但不等于说北大教授们心中就不再有芥蒂和情绪。此时傅斯年对胡适所发的牢骚，在某种程度上道出了北大同仁憋在心中积闷日久的怨气。既然联大已经解体，北大复员独立，当然也就有了重整旗鼓，与清华争个高下的新机缘。因而傅斯年在致胡适的信中要求胡借留美之机，设法为北大新开办的几个学院募集书籍、仪器及款项，一旦就绪，便赶紧归国。因为“我这几个月必然闹得空气紧张，非先生早回来，有出大岔子之可能，那才糟呢！先生回来后，我当留校二三月协助，然后赴美治病……”
傅斯年践约了当初的承诺，胡适一到北大，他就主动把自己坐得温热的校长椅子用毛巾擦了擦，搬到胡老师屁股下连扶加抬地将其请了上去，笑逐颜开的胡适尽管有点不好意思，还是打着哈哈当仁不让地坐稳了。傅斯年不但要把胡老师扶上北大第一把交椅，还要按中国特色的“扶上马，送一程”的老规矩，再送夫子一程，至少在一段时间内仍留在北平，把一切敌对势力和半敌对势力荡平铲除之后方可卸职。
胡适坐上北大第一把交椅，显然与1937去美国前的北大教授兼文学院长大不同了，尽管孔宋之流一再打压排挤，由于胡适在美经年，尤其是一手把日本拖入太平洋战争的空前杰作，一时声光四射，世界瞩目，身价倍增。而他轻柔的脚步一旦踏进北大校园，如同潜龙归渊，虎入深山，再度啸傲士林，俯瞰政坛。历史的风云聚会把胡氏推向了一个新的高度，世俗地位和声名也随之达到了登峰造极的境界，其巨大影响不但成为中华大地教育、文化、学术界的“帅”字号人物，而且一举成为政坛象征性盟主——尽管虚幻多于实际（后来蒋介石曾有意让胡当总统，自己掌行政院实权，就是这一虚幻影像中的一个插曲）。在“帅旗”飘荡中，同样沉浸在虚幻迷惘中的各色人等从四面八方云集而来，于乱世苍茫中企图求得一方良药，以壮行色。而此时的胡适端坐在北大校长的交椅上，一扫9年来在美受的委屈，特别是孔宋集团施加的窝囊气，野心顿发，开始摇动大旗呼风唤雨起来。按当时出任北大校长室秘书邓广铭的说法，头顶五彩光环，身配盟主“帅印”的胡适，不但“立志要把北大办好，也不但以华北地区教育界的重镇自任，而是放眼于全中国的高等教育事业，是以振兴中国的高等教育为己任的”。按胡适的构想，国家与其每年花费几百万美元送学生到外国留学，不如省出一部分钱来在国内建设少数世界水平的大学，只有如此，中国才有学术独立的希望。本着这一构想，胡适提出了一个“争取学术独立的十年计划”，即在十年之内先集中资源，经营五所基础最好的大学——北大、清华、武大、浙大、中央大学。十年之后再陆续扩充其他大学，逐步在整体上达到世界先进教育水平——如此强劲的势头与大胆构想，在教育和新闻界引起强烈反响的同时，也令一些政客很感难堪。当初傅斯年荐胡出任北大校长时，作为教育部长的朱家骅漠然处之，或许对这种情形已经料到。只是书呆子气仍未完全脱尽的胡适，没有意识到星转斗移、今非昔比的政治形势。令他没有想到的是，这一“宏大叙事”式的光辉蓝图，很快就像他归国时遭遇的西天彩虹，瞬间化为泡影。在急剧动荡的时代潮流中，政治腐败，经济崩溃，教授与学生皆陷入生存的困境而难以自拔，地下中共组织开始行动，发动学潮，展开与国民党政权的争夺战。如果说抗战前中共潜伏于各大学的地下组织尚属零散、隐蔽、小规模的闹腾，如今几乎已是公开的大规模的策反运动了。在“动地走雷霆”（郭沫若诗句）的滚滚学潮涌动中，胡适的大旗很快就被淹没在一片浩瀚急荡的急流赤水之中。
此前的5月4日，傅斯年由南京抵平，正式筹备北大复校事宜。21日，针对西南联大学潮的吵闹不息与联大教授闻一多、吴晗等人的嚷嚷不止，傅氏极为愤慨地发表公开宣言，谒“关于学生运动，今日学生水准，不够为末来之建国人才，甚望能安心读书，专门作学问，学术绝对自由，惟不可作为政治斗争之工具。”这年7月底，复员的北大、清华、南开三校联合招考先修班学生，考生被录取后可自由选择学校与专业，根据国内情形，共分七个考区，分别为上海、北平、昆明、广州、重庆、武汉及天津。成绩出来后，七区成绩以上海考生为最佳，而昆明考生最差。为此，傅斯年对记者发表谈话，颇为感慨地说：“昆明区成绩最差，因高中学生从事政治活动，而疏忽功课所致。”因而“奉劝昆明同学今后为自己前途着想，努力学业，何必替人家做垫脚石”。
同年8月4日，精疲力竭的傅斯年在北平《经世日报》发表了《漫谈办学》一文，提请政府与学校当局应负起应有的责任。面对啼饥号寒的师生，政府必须提高其待遇，“不要视之如草芥，这道理尤其应该请行政院院长宋公明白。……我们北京大学的教授，自国民政府成立以来，从来没有为闹待遇而罢课、而发宣言，这是我们的自尊处。但若宋公或他人以为这样便算无事，可就全不了解政治意义了”。傅斯年明确表示，在风起云涌的社会大动荡中，各校皆是面黄肌瘦的教员与衣食无着的学生，形同难民丐帮，希望他们不闹事生非，实在是不近情理的事。但就校长与教授们一方，必须打起精神，拿出为青年、为人类的赤胆忠心。如其不然，学校是假的，不如不办，免得误人子弟。
话是如此说，但实行起来却是极大的困难，特别是吃饭问题，这是一个令各方都感到棘手和头痛且必须亟待解决的大事、要事。1945年初冬，受傅斯年和郑天挺指派，联大化学系教授曾昭抡，由昆明飞北平察看北大校园设施与化学系实验室及图书仪器设备是否尚存。就在这次北飞中，曾昭抡最初的感觉是“故国河山，依然如旧”，但只要待下两三天，便发现经过八年的敌伪压榨，北平乃至整个华北确实是变了，北平已不是原来的北平，其变不在物质或表面现象上，而在内容或人民生活与思想上，人民变得很
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