消息传出，安庆学界和民众群情激愤，舆论哗然。安大师生立即组成“护校代表团”到省政府请愿，要求立即释放刘校长，收回成命。同时，安大师生致电时为教育部部长蒋梦麟、学界领袖蔡元培、胡适等人请求援助。刘文典夫人张秋华于次日乘轮船至南京晋见蔡元培、陈立夫等党国要员。蔡元培得此消息，迅速联络蒋梦麟、胡适等同事好友，共同致电蒋介石，历述刘文典为人治学及任《民立报》主笔时宣传革命，以及追随孙中山先生鞍前马后奔波劳苦的功绩，恕其语言唐突，“力保无其他”（南按：意为刘不是共产党），并说刘有“精神不正常的老病”，强烈要求开释。面对全国掀起的强大舆论，加上蔡元培等教育界名流大腕儿，连同国民党要员陈立夫等一并出面斡旋，权力与事业正在上升但根基并未牢固的蒋介石，为个人威信与政治大局考虑，答应放刘，但必须以“立即滚出安徽地盘”为条件。于是这般，被关押了7天的刘文典，于12月5日获释走出了牢房。
遭受一顿皮肉之苦的刘文典并未服气，蹦着高儿大骂了一通蒋氏是一个军阀狂徒之后，卷起铺盖离皖赴京返北大继续任教。欲乘轮东下之际，安大师生、当地群众与省政府官员近千人到长江码头欢送，省府代理主席孙孟戟拉着刘氏的手满含歉意地说：“虽在缧绁之中，而非其罪也。”这是孔子当年谈到被官府捉拿到牢狱的弟子公冶长时说过的话，意思是其人虽然被关在牢狱里，但这并不是他的罪过，后来孔子把自己的女儿嫁给了公冶长。孙氏此言当然没有把女儿嫁给对方之意，但对刘文典不计名利得失，敢于和蒋介石拼上一家伙的胆魄与精神深感敬佩，遂以孔子之言示之。——令刘文典没有想到的是，正因了这一段传奇经历，使他的声名一夜间传遍国内，为天下儒林士子所重。
就在刘文典抵达上海等待赴京的短暂间隙，专程拜谒了他的老师章太炎。1927年5月，章氏被上海市党部临时执委会指名为国内第一号学阀，呈请国民党中央加以通缉。此时的章太炎因对国民党与蒋介石不满，在同孚路赁寓闭门杜客，对国事、学术俱保持缄默，只是偶尔憋不住骂几句蒋介石“罪魁”以泄胸中愤懑。当他听毕刘文典当面怒斥蒋介石“新军阀”等事件始末，神情大振，当即抱病挥毫，书写了“养生未羡嵇中散，疾恶真推祢正平”对联相赠。赠联借用汉末狂士祢衡击鼓骂曹的典故，对蒋介石的专横独裁进行了抨击，内中透出对弟子所表现出的疾恶如仇的精神的赞许。
到达北平后，刘文典于1929年5月21日会见了“少年同门，中年同事”，即同为章太炎门下弟子，并在北大任教的鲁迅，就有关军阀的所作所为“谈了一通”（《鲁迅日记》）。据刘文典回忆说：“老友重逢，欣然道故，真有说不出的高兴。我拉一把椅子，坐在他的藤椅边，说了半天的话。他平日很健谈，但是很少发笑，这一次谈到广东军阀考察他的思想时那种愚笨的很滑稽的情形，也撑不住发笑了。”就是这次会见，刘文典详细谈了自己在安徽大学与蒋介石冲突的细节和内幕，对其显现的精神风骨与气节，鲁迅深表钦佩，事隔两年都念念不忘。1931年12月11日，鲁迅在左联主办的刊物《十字街头》，以佩韦的笔名发表了《知难行难》一文，内中说道：“安徽大学校长刘文典教授，因为不称‘主席’而关了好多天，好容易才交保出外，老同乡，旧同事，博士当然是知道的，所以，‘我称他主席……’”以此讽刺赴南京谒蒋介石的胡适等人的软骨症。一时间，此文风传学界，搞得“我称他主席”的胡适大栽脸面。
刘文典在北大任教两个月后，又接受清华校长罗家伦聘请，出任清华大学国文系教授，与陈寅恪成为同事，同时在北大继续兼课。1931年8月，因朱自清休假出国，刘文典代理中文系主任，成了陈寅恪的直接上司。此后八年间，刘文典继续进行古籍校勘工作，发奋著述，成果颇丰，先后完成《三余札记》《庄子补正》等著作，在学术界又引起一阵不小的震动，堪称国学领域唯一可与陈寅恪过招并有一拼的重量级大师。
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