与关麟征大不相同的是，挟着铺盖卷回到重庆的李宗黄，狷狂的性格依然没有改变，无论是面见党国大员还是一国之主蒋介石，他仍昂头挺胸，做大义凛然状，为自己的行为辩解，坚持认为昆明惨案自己不但无过，反而有功于党国，是政府“戡乱”的功臣，所有的罪过全是昆明共产党暗中捣乱的结果。直到翌年5月，李宗黄还四处喊冤，并向行政院院长宋子文鸣冤叫屈，坚称：“昆明学潮，纯为反动派有计划有步骤之政治阴谋，一切罪恶，假此而行，其所资为口实者，不外禁止集会与发生惨案两事。”而当12月1日极不幸的惨案发生之时，“宗黄已交代省主席之职，然仍与军政当局上紧缉凶，翌日即行破案。旋承中央命，指派新主席卢汉，警备总司令关麟征与宗黄三人，共同审判，严厉惩凶，并决定从优抚恤死者，从国法人情立论，此案本可了结。不意阴谋之辈，不逞之徒，以惨案为奇货可居，以学子为政争工具，竟四处活动，百计中伤，不惜淆乱是非，颠倒黑白，甚至血口喷人，借刀杀人，极尽穷凶极恶，丧心病狂之能事。须知吾人革命，以仁爱为目的，以青年为骨干，对于一般学生，向来爱护周至，即个人立身处己，尤与天下人以共见……”
李氏离开昆明到重庆后上蹿下跳，喊冤叫屈，弄得蒋介石左右为难，迟迟不能对这位“有功于党国”的“忠臣谋士”作出革职还是升迁的抉择。而对于李氏的四处张扬与撇清，外界纷传，但大多不以为然，个中态度，梅贻琦直接表示“便可不理”。而傅斯年在写给夫人俞大綵的信中，更具有水泊梁山好汉风格地直呼“李宗黄该杀”！他明确表示“昆明学潮之起源，校内情形复杂，固为一因，但当局措施荒谬，极为重要”。为此，傅斯年详细地述说了当局的荒谬经过：
11月25日晚，学生有会，地方当局（关麟征、李宗黄、邱清泉）禁止，学生仍开，遂在校外大放枪炮，幸未伤人，次日罢课。学校当局一面向地方当局抗议，一面劝令学生复课。乃李宗黄（代主席）所组成之“联合行动委员会”竟于12月1日派大队人分五次打入联大，两次云大。其中一次有人在师范学院放炸弹，死者四人，锯去大腿
者一人，还有一人可成残废，此外重轻伤十余人，此等惨案有政治作用者岂有不充分利用之理？四个棺材一条腿，真奇货可居，全昆明闹得不亦乐乎。我就是在此情况下到昆明的（4日），我对于李宗黄等之愤慨不减他人。同时也希望学校能复常轨。我的办法，真正敢作敢为，彼时大家汹汹，居然能做到不出新事件。到了11、12日，我本有可以结束之事，忽知其不易（以有党派鼓动），随又转变一种办法，即加压力于学生也。此时梅亦返校，我们二人请辞职，教授决议，如学生不复课，即总辞职。有此压力，有的上课。而学生会亦渐渐下台。我走时，此局已定，有尾巴，我不赞成再让步，由梅料理，故我先走。大致说20日上课者约十分之一，24日上课者约十分之二，26日全上课。我于24日返渝。
总括说：
（1）地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀（第五军长），关麟征代人受过。（2）学校内部有好些不成话之事，非当年之北大、清华可比矣。
（3）此次惨案，居然告一段落，太不容易。我所办的，除若干共党及C。C外，尚未有责备我者，而称颂我者甚多。
（4）学校以后之善后，我实在办不了啦。
我之辞职未准，但联大一职必辞，决不再去昆明。梅月涵心中如何打算，我不能了了，他专听潘光旦等人之话尤不可解，我岂能再代他受过。北大一职，可以不辞，静待适之回国。本当早赴北平，偏偏这些事打岔，现在北平太冷了，等过了三九阳历二月中旬再去，方妥。此时要开政治会议，回李庄也回不来，我本辞政治协商会议，而辞不掉。当然，此时回家休息，岂不太好！一切至今困顿，皆因两念所误，赴延安（有此协商会议）；为北大，公私交弊，言之可叹，寂寞由你想，你如去修道院，念念默然。我一辈子忙人的事，忙到如此地步也。
政治协商会议，国外的压力甚大，或者可有若干结果，否则必然一事无成，我在其中，其苦万状，参政会同仁颇有骂参加此会者，我这几年无一时……此时的傅斯年也只是空发议论而已，满腔愤慨很快成为泡沫随风飘散，“该杀”的李宗黄不但没有人头落地，反而毫发未损且得以另谋高就。
1946年2月13日，《中央日报》发布消息，称“云南省政府委员兼民政厅厅长李宗黄，另有任务，应免本兼各职，任命该省政府委员张邦翰兼民政厅长。”14日，再发消息，称：“党政考核委员秘书长沈鸿烈，前奉派赴北方视察，兹闻中央对沈氏将令畀任务，该会秘书长一职，已改派李宗黄接充，业于十一日国防最高委员会通过。”
报道既出，傅斯年或许已经明白，或许仍蒙在鼓里，蒋介石处于社会各界压力，固然通过行政院免除了李氏在云南的本兼各职，表面上给以处罚，但实际上并不想太过于打击像李宗黄这样一批铁杆忠党分子的情绪。在前期许诺的云南省主席已无法办到，李氏本人也不可能再有所指望的情况下，蒋只好退而求其次，通过国防最高委员会任命李为党政工作考核委员会秘书长，以这种方式算是为李氏挽回了一点面子。
原本“该杀”的李宗黄摇身一变，突然成了面貌一新的党国大员，这一戏法的演变，势必导致昆明学界新一轮反弹。联大学生会得此消息，立即派代表向校方质问，但正如冯友兰后来在《自述》中所言：“教授会说，我们保证的是使关（南按：实乃李）去职，只要他去职就可以了，至于是升是降，我们并没有保证。有人提议开教授会，但没有成为事实。”据冯氏说，让学生先复课，然后再惩凶的点子是他与联大训导长查良钊出的，后来教授会的答复也有自己一分子。通观冯友兰为人处世的一生，像这样的圆熟中夹杂着狡猾的辩解是极有可能的，若出自别人的计谋反而有些不可思议了。只是冯友兰等人这一圆滑的说辞，令联大学生会大小头目甚感恼怒，遂下决心以牙还牙，以眼还眼，再度发动学生示威游行，进行反击和报复。
2月15日，梅贻琦乘机飞渝办理清华复员事务，西南联大一时群龙无首。趁这一空隙，昆明学生联合会主席、中共地下党员吴显钺，秘密联合由中共地下组织操控的文协昆明分会、中苏文协昆明分会，连同民主同盟主办的民主周刊社等十团体，纠集15000余人于2月17日在联大新校舍广场召开讨伐大会。会议由闻一多任主席，褚辅成、钱端升、费孝通、吴晗等人出席大会并慷慨发言，强烈要求政府立刻严惩昆明“一二一”惨案主使者关麟征、李宗黄、邱清泉等军政大员。为了加重会议的分量和法码，会议组织者专门把炸断一条腿的缪祥烈用棍子抬上主席台，以现身说法激起众人的反政府斗志。经过闻、吴等几位另类派教授一招一式鼓动煽情与缪祥烈声泪俱下的现场控诉，入会者情绪很快被激发调动起来，演讲尚未结束，就有人急不可耐地蹦到主席台振臂呼喊“打倒李宗黄”、“杀关麟征、李宗黄以谢天下”、“立即改组政府”等口号，同时提出游行示威以壮声色。中共地下党员吴显钺等学联领袖见火候已到，顺势鼓动，表示响应。于是，整个会场如同决堤的潮水，人群“轰隆”一声拥出联大校园，于昆明大街小巷呼啸开来。
由于卢汉对李宗黄这个冤家对头出任新职同样大为不满，没有派军警阻止，昆明街头汹涌翻滚的人潮急浪汹涌向前。大潮滚过处，留下了一堆堆用各色纸张书写的宣传口号与标语。当众人空着肚子双腿发软全身打晃两眼发花回到校园时，夹杂在队伍中满面尘土的闻一多于兴奋之中，不无得意地用沙哑的声音对身旁的人说道：“军警特务哪里去了？他们是学乖了，还是泄气了？”其实他哪里知道，大权在握，重兵云集的地方当局，怎有突然吃素、泄气的道理？倘无隐情，何以至此？闻一多此言，实在是不谙官场之道的书生意气。就在闻、吴等人支持、鼓励昆明学生纷纷拥向街头之时，远在重庆的梅贻琦先后会晤了傅斯年与朱家骅。当时正患胃病躺在自家寓所床上的朱家骅，尽管不知闻一多等此刻正在千里之外的昆明游行队伍中狂呼尖叫，风头正健，但当谈到联大近日形势时，朱家骅甚表忧虑，认为“张、闻、潘等之举动谓殊于清华不利”，并特地专门向梅贻琦提出警示。2月26日下午晚些时候，冯友兰以西南联大文学院院长的身份向重庆教育部拍发密电，谓学生将于27日举行罢课，催梅贻琦速返昆明筹划应对之策。当教育部译电员将电文翻译完毕已是晚上7点，时梅贻琦正同翁文灏、傅斯年等人参加外交协会举办的一个宴会，在教部当置的杭立武立即持电文驾车跑到宴会场所，匆忙把梅拉出告之昆明情形，并促梅速返。梅听罢大惊，“虽觉或非严重，而又感在渝任务未完，但只好决计归去，（因为）此责他人亦难负也。”乃“急至朱寓稍留”，而后即返中研究院招待所收拾行李，次日一早乘机返回昆明。
梅贻琦风风火火地赶回昆明联大，得知学生会已决定将罢课时间推迟两天，尽管梅对找上门来的学生会代表“严予告诫，倘如此行动，尤属不合，学校更难予同情”等，但僵持到3月4日，罢课风潮还是发生了。无可奈何的梅贻琦在当天日记中写道：“今日联大及昆市其他校学生罢课一日，以表示对于李案处置之不满，此举诚非全无理由，然亦只能听之，更望勿生其他事端耳。”毕竟国民党最高当局在此事处置上太不明智且有些过分，作为联大最后一根支柱的梅贻琦自然不能跟着他们糊涂下去，在没有更好的应对措施情况下，对罢课风潮采取听之任之的态度则不失为明智之举。
3月5日，云南警备总司令霍揆彰密电重庆国民政府军政部长陈诚，报告昆明方面的动态：
（一）昆明共产党控制之学联，支日联合各大中学生共千余人，开会罢课反对李宗黄就任新职，并企图要求省政府方面，拨款七千五百万元作为‘一二一’事件死者赡养抚恤费。各校大部分学生均照常上课，罢课学生微日有复课模样。（二）共党近由延安、贵阳派来李晓（东北人）、陈定侯（江苏）、张学易（东北）三人，均系西南联大毕业生，来昆以图加强滇省共产党组织，已饬详查其行动。（三）共党分子预定于灰日公祭死者并向省政府请愿。（四）本党学生蔡麟笔等仍积极策动筹办爱国运动，不断宣传，收效甚大，并拟于佳日在昆明分四区扩大宣传，谨闻（南按：电文中的支、微、灰等，属专用语，似指昨、今、明等解释）。
因惨案中死去的4名学生棺木仍停在联大图书馆尚未出殡，李宗黄出任新职事件自然令学联的组织者与出殡等事联系在一起。成为与地方当局谈判的重要筹码。事实上，就在学生罢课的同时，根据中共云南省地下工委指示，西南联大学生、地下共产党员吴显钺、萧荻等，分别代表昆明学联和遇难学生治丧委员会，已开始与云南当局交涉死者出殡事宜，并表示在出殡日要举行大规模出殡游行，以宣泄胸中愤慨。为遏制这一不利于和谐稳定的势头，云南当局除答应可为死者抚养费垫款五千万元，以争取早日结束此局外，专门找来当地所谓的士绅名流、社会贤达，与吴、萧等人进行谈判。听命于云南当局的士绅、贤达们，以四项不宜条件加以阻止，即：
（一）凶死者照地方旧日习惯不应出殡。
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