傅斯年摇晃着肥胖的身躯，喘着粗气踏进西南联大大门后的情形，学校“罢联”内部简报以答问的形式在题为《关于“一二一”惨案的谈话》中说道：
傅常委归来后，罢委会交际股即派代表二人前往晋谒。傅常委说：“我是2日下午在重庆听到同学被屠杀的事情时，晓得非回来不可了。4日在机场等了一上午，到昆明已是下午四点，没有赶到教授会议。今日上午拜访了卢主席，下午去看关麟征，我对他说：‘我代表学校当局，对于这次屠杀事件不胜其愤慨，我以前跟你是朋友，现在是站在对立的地位了。’关麟征说：‘那何必，我们还是朋友。’我说：‘你杀了同学，比杀了我的儿女还要使我伤心。’关麟征说：‘你怎么说是我杀了同学呢？’我跟他争辩了一大顿。”当代表问到傅常委怎样处理这件事时，傅常委说：“我尽我所有力量，依照教授会议所决定的去做，请你们转告同学们，请他们信任我和先生们，假如我有一点不站在同学的立场上做，我就对不起自己良心的。”代表出来的时候问：“傅常委是不是要等这事情完全解决了才走呢？”傅常委说：“当然。”
很明显，傅斯年是挟政府之命，以学校负责人的身份带着平息事态的重任飞抵昆明的。行前，朱家骅专门请示过蒋介石，蒋认为傅斯年是合适的人选，也会在政府与联大师生之间周旋，并不至于和其他政客一样引起知识分子的反感。傅斯年对事件经过稍作了解，便以他的精明和以往处理学潮的经验，认为必须坚持将学生复课与惩凶事项分别办理，只有如此，方有处置的可能，这个想法与朱家骅不谋而合。第二天，朱家骅自重庆拍发密电告诉傅斯年并转冯友兰、周炳琳和姚从吾，说“学潮若不早息，影响所及实匪浅解”，同时认为“一俟事实明了，凶必严惩，弟可保证”。但又站在政府立场上，竭力主张“复课与惩凶似应分别办理，至复课至关重要”，要求傅斯年等“全力协助，约同其他至友，劝导学生早日上课，最好能俟复课后再来较妥，否则罢课久延或将波及他处，致难收拾”。
12月5日，重庆《新华日报》以《昆明学生流血惨案》为题发表社论，指出：云南当局“一面在昆明动手，一面在重庆的官办报纸上已登着皇皇大文，硬指反对内战的教授和学生都是共产党所煽动，来作为把他们当做‘匪徒’，用美国机关枪来对付的理由。像这样的周密布置和舆论配合，那是段祺瑞和宋哲元万万及不上的”。与此同时，全国其他报刊相继刊发文章，矛头直指国民党当局，昆明惨案成为重庆大街小巷议论的热门话题。
当各种说辞传到蒋介石耳中时，蒋明显有些不耐烦起来。据唐纵日记12月6日载：“美国务卿贝尔纳斯至函安德逊阐明美国在华政策，主张建立一‘强大团结民主之中国’，设法协助中国完成国内之团结与稳定，基于机会均等及尊重国家主权原则循正当合法之途径努力。由此可知马歇尔元帅使华，其任务在调查苏联在远东之势力与动态，并将相当修改赫尔利对华之态度，而用各种方法与力量以促成中国之团结与民主运动。”又记：“主座两次电话询问昆明学潮情形。主座致卢主席电，谓如不能解决，即应解散其学校，另将学生集训。”
这则日记透出的信息是，蒋介石的焦急与焦虑不安，与国际大环境有着密切关联，他极不愿因为昆明的血案而在国际政治旋涡中造成被动。但事实上，眼见昆明学潮有蔓延全国之势，蒋所谓解散学校、集训学生，也只是一时气极的疯话罢了，诚如历史学家黄仁宇所分析的蒋介石的性格和处世手段：“当历史已在他蒋介石眼前和手下高速地展开，他无从采取通常合乎情理的方法对付。于是他以直觉作判断，先以道义为手段，不及则杂之以权宜，多时仁厚，偶尔心狠。被逼不得已则以宗教哲学思想和御己的纪律坚持下去。”
蒋在处理此次学潮的一系列做法，正应了黄仁宇对其性格的判断和归纳。蒋采取的措施仍是加紧安抚学生，如下令批准立即枪决陈奇达、刘友沼以表当局态度。这一做法在得不到学生和舆论认可的情形下，蒋介石开始“杂之以权宜”，下令关麟征停职，着其立即赴渝报告。
关麟征预感大事不妙，为顾全脸面，于12月7日，向重庆拍发电报自请处分。电云：委员长蒋：
自昆明学潮发生以来，职深知其中有人操纵，含有政治阴谋，故无时不在戒慎恐惧，本钧座之意旨，小心防范，以免事态扩大，殃及无辜。而东日（一日）午联大文法学院与军官第二总队之斗殴及联大师范学院之惨案，陡然而起，职已竭尽诸种方法，以求补救。缉凶慰抚，凡于职分应尽之事，无不废寝忘食，竭尽绵薄。今投弹凶手陈奇达、刘友治均已就捕，并于卢主席主持之下，约请各界首长约百余人公开会审，据供确系受共党分子姜凯嗾使，凶器亦姜所与，事态已明，学潮理应告一段落。然恐奸人绝不以此为足，仍将利用学生并其生命，以为遂行其阴谋之工具，而职身负治安之责，事前防范未周，以致可爱青年死者四人，伤者十余，拟请先于撤职，并以法议处，以平奸人之愤，兼慰罹难学生之心，且为失职者戒。谨请鉴核。
职 关麟征叩残酷的现实与社会各界强烈反响以及傅斯年等人的态度，促使蒋介石不得不作出让步。决定将关麟征“明令停职，听候处分”，由青年军编练总监霍揆彰中将接替其职。同时撇开李宗黄，正式授权由卢汉出面主持惨案的调查和善后事宜。
12月8日，昆明《中央日报》刊登了关麟征的自请处分电文，同时发表了蒋介石于7日草就的《告昆明教育界书》。书云：“昆市发生学潮，学生课业中辍，已逾旬日，妨害青年学业，贻误建国前途，兴念及此，痛心无已！我国抗战八年，牺牲惨重。今胜利甫告实现，复兴时机不可复得，正宜同德同心，积极黾勉，进行建国之工作，乃讹言流传，波及学府，演成如此不幸之事件，此真所谓仇者所快而亲者所痛也。……中正爱护青年，不啻自身之子弟，更不忍我纯洁之青年学生，有自误误国之举动……”
在说了一通冠冕堂皇的话之后，蒋氏笔锋一转，态度颇为强硬且暗含杀机地继续说道：“中正维护教育，保持纪纲，皆属责无旁贷。对于此次事件，必当根据是非与法纪，作公平负责之处理，决不有所偏袒，亦不有所姑息。唯我各校教职员对于学校对于国家亦均负有神圣之责任，应导学生于正轨，为社会做表率，切不可任令罢课风潮再有迁延，造成学校与社会无政府无秩序之状态，以贻国家之羞。目前一切问题必以恢复课业为前提，以正常手续为解决，否则政府纵如何爱护青年，亦不能放弃其维护教育安定秩序之职责。切望我各校当局与教职员诸君，深体此意，对全体学生剀切劝导，务令即日上课，恢复常态，勿负余谆切之期望，至深企盼！”最后署名是：蒋中正手启。
深知蒋介石脾气的朱家骅，已从这封公开书中嗅出了软中带硬，且真有解散学校的意味。朱氏深恐学潮扩大会迫使蒋出此下策，故一面请示蒋介石，允派教育部次长朱经农急飞昆明，会同各方处理死伤学生的善后问题，一面向傅斯年等拍发急电，强调：“主席七日文告，对昆市不幸事件指示公平处理，政府已负责处理，我昆市各校即应恢复常态克日复课。务请诸兄会同各校教授同仁对吾青年学子剀切劝勉，应以学业学校为重，而更应以教育前途及国家荣誉为重。吾人职责贵在善后，一切有利善后之意见及办法，政府无不采纳，然一切有违善后及有碍教育事业之举动，自应摈除。”
朱经农飞抵昆明后，转交了一封蒋介石致傅斯年亲笔信，曰：
孟真先生：
回昆以后，体力如何？贤劳为念。关于处理学潮事，已另致各校教职员一书，想可同时察阅，尚望吾兄为一般友好详述之。务希共同为国家为青年与为校誉负其职责也。馀托经农次之面达，不赘。
信中所说的“另寄各校教员一书”，即指报纸公开发表的蒋介石《告昆明教育界书》。想来蒋介石怕傅斯年感到突然，以及产生当局对自己处理此次事件不信任的误会，特写此函以示慰抚。而信的内容显然比报上的言辞要温和得多，这应是蒋在盛怒平息后“以宗教哲学思想和御己”的策略纠结而成。
傅斯年详细研究揣摩了蒋介石的心理，觉得事尚可为，而通过在昆明城几天的内察外调，与师生数度座谈，对惨案经过与师生的愤怒心情也了然于心。根据昆明各方面的形势，傅氏深感惩凶一事必须抓紧，否则夜长梦多，更难收拾。而所谓惩凶并非弄一两个兵差小卒就可以蒙混过关了事，必须惩治真正的主凶、大凶如李、关、邱等军政大员，否则事情不会轻易了结。关麟征辞职后，昆明学界的矛头又转向了李宗黄，并响起了去李倒李的呼声。鉴于此情，12月8日，傅斯年给朱家骅、陈布雷拍发密电，态度鲜明地表达了自己的立场：“此事既由李宗黄、邱清泉等弄糟到此地步，又将关总司令拖入。手榴弹案之内幕，此间各地人士所详知，包括美国外交记者在内，到处宣腾，只有政府先占着地步，然后大多数之教授观念可改。今关总司令既赴渝，李邱二人可否暂时调开？果能如此，教授可发挥甚大之力量，复课有十九把握。纵不能立即复课，教授必对坚持罢课之员生予以道义制裁，下一步无论如何易于办理。再李宗黄至今仍坚持此次学潮由政府派卢汉来而起，对卢汉及云南多数人士猛烈攻击，此公如不暂离昆明，不特学潮无法结束，即大局亦不了。”
朱家骅把傅斯年密电呈报蒋介石，蒋接连要求朱转告傅斯年速劝学生复课，恢复秩序，压根不提去李、邱之事。而这个时候的李宗黄又不识或不愿顾及主子的苦衷，在昆明依然指手画脚，态度倨傲，坚不请辞。同时四处放风，把学潮的责任说成是卢汉就任省主席之职和共产党暗中煽动的结果。碍于自己此前曾向李许下宏愿，蒋介石只好对李的所作所为听而不闻，咬紧牙关，艰难地支撑着地陷一样从四周集来的巨大压力，坚持不为此事给李任何处罚。蒋一面继续暗中请傅斯年等人向昆明学界疏通解释，要学生们先行复课，再容逐步解决李宗黄问题；一面发狠威胁，宣称学生若再不复课，将采取最后严厉之处置，一律开除学籍。
此时，处于第一线前沿阵地，夹在政府与学生之间的傅斯年，由一只“稀有的蟋蟀”（罗家伦语）变成了风箱中的老鼠，两头受气，血压呼呼上蹿。但身在其位，又不能抗命不遵，必须随着风箱中那个鸡毛活塞来回抽动而急速地两头蹿奔，否则就有被挤压而死的可能。当他摇晃着肥胖的身躯，气喘如牛地在各校教授和学生会代表间反复奔忙周旋一阵子后，得到的结论仍是李若不去，自己所做的一切努力皆为徒劳。为在夹缝中求生存、图希望，傅氏经过一番思考，只好暂取“缓兵之计”，以时间换空间，等待柳暗花明的时机。
12月8日，卢汉约集各校教授谈话。9日再约集各校学生代表谈话，表示惩凶、抚恤伤亡学生，赔偿损失，条件是学生们需先行复课，学生一方略表满意。但当学生代表们回校叙及谈话情形后，却遭到另一派学生的强烈反对，对方认为学生代表软弱无能，不应该接受复课，主张改组罢课委员会，并提出了罢免李宗黄，组织联合政府的要求。
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