就在云南军政大员表演性地“公审”投弹罪犯时，4日上午9时，代梅贻琦主持校务的叶企孙在清华办事处召集联大教授会，就学潮问题进行讨论。会议主席由叶企孙担任，中文系教授闻一多以书记员身份负责记录。教授们围绕学潮是息事宁人地尽快结束，还是添油加醋地继续扩大等问题激烈辩论。以闻一多、潘光旦、吴晗等为代表的一派教授力主扩大学潮，与当局争胜，闹他个人仰马翻，天地变色。而以三青团负责人姚从吾为代表的另一派教授，表示强烈反对，力主尽快结束学潮，恢复校园秩序。两派的主张分别都有共产党与国民党的政治背景支撑，因而整个教授会议实际演变成了国共两党安插在联大的代表在较劲、谈判。双方你来我往，唇枪舌剑，各不相让，最后出现了“空气紧张，且几濒分裂”的局面。
关于三青团与中共力量对西南联大的渗透并形成气候的具体时间，据可考的资料显示，源于1938年。这年的7月9日，三民主义青年团在重庆成立，蒋介石任团长，陈诚为书记长。9月底，国民党西南联大直属区党部及三民主义青年团西南联大分团部筹备处成立，由历史系教授姚从吾任筹备处主任。未久，姚从吾任直属区党部书记长，教育系主任陈雪屏任青年团分团部主任。为了加强队伍建设和发挥作用。姚、陈二人领导的党、团部门，分别在联大师范学院设有专门办公室，三青团还在新校舍布置一间“中正室”，陈列《中央周刊》《文艺先锋》等杂志，每天午后开放，同时出版《青年》壁报，发表与学生社团群社主办的《群声》《腊月》等壁报，以及其他壁报针锋相对的言论。也就在这年的10月，中共西南联大地下临时支部成立。1939年春，中共云南省工委批准中共西南联大地下党支部委员会正式成立并开始活动。
随着两派性质不同，主义不同的党团队伍在联大崛起，往日纯粹的学术氛围被打破，越来越浓厚的政治空气笼罩了整个校园。两股势力明争暗斗，长此消彼，直至闹到难解难分的胶着状态。而这两股政治力量的叫板争雄，不但为西南联大的学潮再度兴起与寂灭起着至关重要的影响，也为震惊中外的“一二一”血案埋下了伏笔。
据闻一多长孙闻黎明编撰的《闻一多年谱长编》说，当昆明学生联合会决定于12月25日晚举办演讲会时，曾事先邀请过闻一多、吴晗等当时被看做激进派或称为“左派”的教授出席。中共云南地下党组织闻讯，派人指示闻、吴二人：“为了扩大影响和个人安全，要适当减少公开出面，而在下面多做工作，要注意团结争取大多数，尽可能推动更多的人站出来说话，这样对斗争有利”云云。闻、吴听从了这个指示，当晚没有参加演讲（南按：唐纵日记列举名单中有闻一多）。但当云南大学迫于压力不借给会堂，演讲会即将无果而终时，闻一多力主改在联大操场进行，并最终促成了此事。
时与闻一多、潘光旦、吴晗等一派教授联系的神秘人物，是一位叫洪德铭的西南联合大学二年级学生。此人乃湖南临澧县人，早年加入共产党并出任过新四军某团政治处副主任，蒋介石下令摧毁新四军大本营的皖南事变发生时，洪氏因重伤被俘，后成功脱险。1944年，洪考入西南联大，创建民主青年同盟，为西南联大地下党的主要负责人，受中共南方局昆明方面的负责人华岗和地下云南省工委直接领导。后来中共在联大成立了党总支和下属两个支部，由袁永熙出任总支书记（南按：1947年，袁与陈布雷之女陈琏结婚），洪德铭、马识途分别出任支部书记，暗中发展学生，反对国民党在校内的统治。闻一多、吴晗等一派教授在政治方面主动向中共靠拢，并无条件地听从袁、洪等几位中共地下党员学生的直接指挥调遣。据洪德铭回忆：“惨案当天晚上深夜，我把工作安排好后，到吴晗、闻一多处碰头，三人一见面就情不自禁地泪流满面地哽咽起来。接着在一起交换情况，商量工作。闻、吴先生说教授会的工作、民盟的配合、文化教育界的发动，由他二人负责，每天他二人向我介绍情况。民青、罢联有什么意见要求，可以委托他二人办理（南按：按中共指示，洪还负责分管罢联工作）。我按照党的指示，把我们如何扩大、坚持斗争的部署向他二人作了汇报，他二人表示完全同意，全力支持。闻先生还说：‘大事不先和民青商量，决不随便向外表态。’”与闻一多等人针锋相对的派系，是以联大历史系主任姚从吾为首的国民党右翼集团骨干分子。尽管姚氏面貌长相似一河南农民老粗，却如傅斯年所说“外似忠厚，实多忌猜”，同时更有陈寅恪指斥“愚而诈”的特性。就是这样一位貌不惊人、土里巴地的人物，可能受幼年所在地理环境影响熏陶，像他的很多同乡一样对政治和政客生活备感兴趣，并竭尽投机钻营之能事。1940年，傅斯年在给胡适的信中提到的“只有从吾胡闹。此人近办青年团，自以为得意……我真不能忍耐，即与之绝交”等，指的就是此人。尽管傅对姚的所作所为很不感冒，但姚还是得意洋洋地干了下去，将青年团办得有声有色，很受国民党省党部及上层的重视。初涉政治的姚从吾见办团已有所斩获，又开始热火朝天地负责组建西南联大国民党党部，在政治上大有冲出联大扶摇直上之势。
当11月27日学潮爆发后，姚就开始以西南联大国民党与三青团组织总负责人的名义，致快件向教育部长朱家骅汇报昆明学潮发生情况和他所采取的对策。内中说，“据团中同志言：中立派签名者至廿七日已有八九百人”。按姚当时的观察分析，只要不再发生过分刺激学生的情况，事情仍有可为。因此颇有点远见地认为：“应与辞修（南按：即陈诚）部长即电关、邱诸同志与王政（南按：即云南省教育厅厅长）同志及大学团部负责人切实联系，将‘结束罢课’与‘防遏反动’分开，以政治为主，军队弹压为副，万勿随意行动。随意刺激群众，无益实际，徒增困难。简言之，不妨及治安者，军人切勿干涉。”又说：“联大事除与学校负责人接触指示之外，应再专函周枚荪（南按：周炳琳）、张奚若，请二先生贡献意见，协同处理。因枚荪实具有若干镇压能力，张先生尚得学生信仰。至于端升，坏事有余，易受利用。又CP（南按：共产党英文缩写）为孤注一掷计，自必竭力捣乱，此次压下去或即可永久相安也。”
令姚从吾大失所望的是，地方军政大员并没有按他这位自号南阳诸葛孔明的“深谋远虑”行事，他提出的警告可能还没有到达朱家骅手中，惨案不期而至，这一切不能不使姚等联大党团人员备感沮丧与不满。尽管如此，姚从吾还是从维护当局利益出发，竭力阻止学潮蔓延扩大。从事件发生前后他给朱家骅等人的一系列信函中，可以清楚地看出姚的政治倾向和当时大学内部国民党组织应对态度的脉络。
与姚氏的举措相反的是，根据中共地下党组织指示，闻一多等人却要使罢课斗争扩大和持续下去。于是，在12月2日由叶企孙主持的教授会上，闻一多不但赞成学生罢课，还力主全体教授罢教，以声援学生的示威游行。这一提议受到了姚从吾等人的强烈抵制，最后以“罢教问题延缓讨论”进行了否决。此举令闻一多大为不快，双方都窝着一股心火，并在背后积蓄力量，准备再战。
在4日召开的教授会上，闻一多、潘光旦、吴晗等人旧事重提，力主全体联大教授以罢课声援学潮，给当局施加压力。此举同样遭到了以姚从吾为首的国民党籍部分教授的强力阻击。就当时的情况而言，由于教授们所处环境关系，绝大多数人明显地既不赞成蒋介石不问青红皂白的严厉处置措施，更不赞同李宗黄、关麟征等人所采取的暴力行动。他们认为学校可以暂时停课，但不能按闻一多等人的意见宣布罢教，理由是大学毕竟是大学，是做学问和传播、发展学问的地方，不是古罗马斗兽场，也不是党派政治争斗的风水宝地与战略据点或什么所谓“堡垒”。经过长达6小时的唇枪舌剑，双方不分胜负，讨论仍无结果。联大国民党籍教授为数众多，但在对待学潮处置上又有明显分歧。一派是强烈反共分子，故认定学潮的发生是中共暗中挑拨或煽动的结果，主张分化学生，孤立“另类”分子，使其无机可乘。另一派总体上站在国民政府一边，因对国民党恨铁不成钢，故对学生抱以一定的同情，相信学潮发生根源在于地方当局专横与野蛮，中共掺杂其间捣乱鼓动，亦不过乘机利用而已，因而不主张用激烈的方式与当局对抗。鉴于各大小派系互不相让和自以为是的强硬态度，最后由会议主席叶企孙提议，以投票方式决定胜负。结果是当日入会者共82人，赞成停课者61票，主张罢教者仅19票。最后会议形成的决议是：自即日起本校停课七天，对死难学生表示哀悼，对受伤师生表示慰问，并对地方当局不法之横暴措施表示抗议。
这一决议，意味着闻一多等人在罢教问题上连战连败，而姚从吾等人总算有惊无险，最后取得了胜利。对此，姚氏沾沾自喜，其兴奋之情从他于当月11日给正在北平办理北大复员事务的联大教育系主任、国民党三青团中央直属西南联大分团部主任陈雪屏，以及联大总务长、历史系教授郑天挺的信中可以得见。信曰：
雪屏兄：
毅生多方面希望的“联大乱子”，十一月二十五日，突然实现了，痛心之至！详情非十纸不能详。兹先述个轮廓，以慰盼望。二十五日学生召开时事座谈会，请的人有端升、启元、西孟、一多、费孝通等。并推西孟为指导，启元为主讲，用意有二，其一在表现力量，冀在后方捣乱，牵制驻军北调，完成C。P。割据东北的阴谋。其二在改变同学的观点，企图继续把持学生会（自大公报质中共一文发表，整个形势实有转变之可能）。
二十五日下午，华炽曾参加警备司令部召开的联席会。他回来说，他们主张严厉干涉。我即去找西孟，西孟当晚即未出席，晚九时突闻枪声，华炽说：“糟了！希望不在联大！”那知道真的就是在联大，次日即罢课了。当时同学与教授都很激愤，我们对罢课，不但不能挽救，且只有随声拥护。二十六日，程陶、高乃欣、张锡芝等来了。决定采用分化方略，只将第二项要求，美国撤兵下加上“苏联不干涉中国内政”九字，以瞻全校的反应。分头活动，冀有收获。至二十七日上午，签名赞同者已有九百六十余人。下午开大会讨论，因为组织不严密，被捣乱者破坏了。但中立分子的势力，仍在增加。学校也决议用全体大会的名义，劝告大家上课。更不幸在这个当儿，李宗黄、关麟征（热心有余，见识太差！）邱清泉诸公又组织了一个反罢课委员会（由支团与党部等主持，以第五军为后盾），与学生撕打。到了十二月一日，竟打入学校（新校舍、师院、工学院、云大），投掷手榴弹，捣乱者希望的惨案，他们竟代人家造成了！从一日起，不管事的学生也起来了，助教、教员，联合附中的教员，组织了一个讲师、助教联合会，也参加活动。六个棺材停放在图书馆内，一方面进行募捐（刻已达七百余万元，龙夫人捐五十万），一方面铺张祭吊，一方面四出讲演，闹得人心惶惶，秩序紊乱。幸而教授会于四日全体决议，否决罢教，改为停课七日，算是教授站在政府的方面，学生的气焰，才算稍稍好转了（四日自九时开会，到下午三时始散，出席八十二人，赞成停课者六十一票，赞成罢教者十九票。决议案原文：一、停课七日，对死亡同学表示哀悼，对受伤教授同学表示慰问，对地方当局横暴措置表示抗议。二、继续劝导学生上课。三、组织法律委员会，进行惩凶等控告）。教授会精彩紧张，可谓空前。一多自称反对政府。枚荪发言也力量大增，几乎受全场支持。端升表现的最糟。奚若仍是骂人老套。他们竟真的把枚荪烘托成正义派了。
……罢课风潮起后，我代华炽草一代电，报告中央团部，同时指挥程陶诸人，进行分化工作。
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赏金猎人
诡灵道士