就在傅斯年、郑天挺、周炳琳对蒋梦麟的离职满含悲愤口诛笔伐之时，远在美国的胡适，一直持冷静、客观的态度看待这一变故，并以和事老的口气不愠不火地为蒋开脱，强调梦麟此举实乃是“为政府征调，只是暂局”云云，以此消融北大诸教授的怨声与愤慨。当国府发布胡适出任北大校长的消息后，胡没有推辞，而当时他在美国的尴尬处境也不容许推辞。回国执掌北大，无论是对胡氏个人还是政府，都是一件保存体面、如释重负的最好解脱机会。但在正式出山之前，像过去皇帝登基需要有一个“劝进”程序一样，表面上的“逊让”文章还是要做一做的。于是，胡适拍发了一封致朱家骅、蒋梦麟（南按：胡文称孟邻）、傅斯年三人的电报：
骝先、孟邻、孟真三兄鉴：
江、微、鱼电敬悉，缓复乞恕。世界教育会议，当勉强遵命参加。民国二十年以后，北大复兴，孟邻兄领导之苦心伟绩，弟所深知，北大复员，仍不可无孟邻兄之领导。曾于上月托张仲述带信与北大同仁恳切工述此意。孟邻兄为政府征调，只是暂局，孟真兄肯扶病暂代，最可感幸。将来弟归国，若不得已，亦愿与孟真分劳，暂代一时，以待孟邻兄之归，此意至诚恳，乞亮察，并乞转陈主席与咏霓兄，并恳转致北大同仁，至感。弟在外八年，结束稍需时日，拟明年二月海道归国，并闻。
弟胡适蒸（十月十日）电文发出，礼数算是尽到，既是答应暂代一时，那“一时”的长短与何时权归旧主，只有看天命人事了。正是这封电报，意味着蒋梦麟与北大彻底脱离关系，这时的蒋或许已经料到，此次一别竟成永诀，再也没有机会回到他付出过心血与痛楚、充溢着光荣与梦想的北京大学了。
因胡适尚在美国，在归国之前，国民政府任命傅为北大代理校长，并聘为西南联大常务委员。在这种情形下，按朱家骅的说法，傅“不得不勉强答应”。
1945年9月20日，傅斯年以西南联大常委、北京大学代理校长的身份参加了在重庆召开的全国教育善后复员会议。会议就内迁教育机关复原以及教育秩序整顿等问题进行了讨论和议决，参加者有朱家骅、翁文灏、李石曾、蒋廷黻等政学两界大腕。傅氏在会上极其活跃与情绪化地指手画脚，并公开为朱家骅出谋划策，其形态立即引起了相当一部分入会者的反感。原清华大学历史系主任、时为联合国善后救济总署中国代表及国民政府善后救济总署署长的蒋廷黻，对傅氏张牙舞爪的做法更是深恶痛绝，当场不无讽刺地谓傅斯年是“太上教育部长、太上中央研究院总干事，太上北大校长”。傅听罢反唇相讥，说自己只做“太上善后救济总署署长”。蒋廷黻见傅脸呈猪肝色真的动起怒来，怕节外生枝，引起对方的心脏病，遂不再攻击。事后，傅斯年给夫人俞大綵的信中道出了自己的委屈：“事实是骝先好与我商量，而（他）十之七八不听，然而外人不知也，以为他的一切由我负责。”不管朱家骅听不听，傅斯年摆出一副“太上”的架式当是附合实际的。
通过这次会议，傅斯年更加认清了教育界局面复杂与派系争斗的险恶，他在给北大法学院院长周炳琳的信中不无忧虑地说道：“弟贸然代理，半年之后，必遭天殃，有不得不与兄相约者，弟固跳火炕矣！而公等亦不当立于高峰之上，搬请以为乐也，除非大家努力，齐一步骤，此局不易维持也。北大之敌人多矣，随时可来算账，且此时不攘外即无以自立，此尤使弟斗志奋发，而又不得不戒惧者也。”从此信可以见出，傅斯年已做好与一切北大之敌开打的准备了。
9月25日，蒋介石在军委大礼堂为此次会议结束召开宴会并致辞，大旨为：1.各校迁移应在明年课业结束之后；2.西北西南各校除少数外，宜留设原处；3.战后建设应农、工并重；4.未来学校发展应质、量并重云云。重庆会议是一个重大转折点，可谓中国教育、文化界的分水岭，越过这道标志着战前与战后的山岭，那潜流汹涌的溪水很快与社会大潮融汇一起，形成了一股翻江倒海的滔天巨浪，在中国大地上喧嚣奔腾起来。会议过后，傅斯年即委派北大教授陈雪屏与郑天挺由昆明赶往北平，接收北京大学校产，为学校复员作准备。当陈、郑二人抵达北平，首先遇到的就是一件颇感头痛的麻烦事。1937年卢沟桥事变之后，北京大学教职员工与学生仓皇南下，占领北平的日军利用原北大的校舍和来不及迁运的图书设备，又成立了一个伪“国立北京大学”，并招生开课，对中国青年进行奴化教育。当时未随校南迁，仍留在北平并渐渐堕落为汉奸的汤尔和、钱稻孙、鲍鉴清等原清华、北大教授，先后出任伪北大“总监督”和“校长”等职，鲁迅之弟周作人和著名古器物与古文字学家容庚等没有南迁的原北大、燕京大学教授也相继下水，周作人出任伪北大教授兼文学院院长，容氏出任文学院教授。此次陈雪屏北上途中，又接到国民政府教育部命令，令其接收北平日伪各校的学生，办理北平临时大学补习班等事宜。总体方针是不管是真北大还是伪北大，全部照单接收，然后把教职员弄到一起办学习班，鉴别之后再作是否录用的决定。但这一点与傅斯年的想法大相径庭，因而导致抵达北平接收的陈、郑二人不知如何是好。
傅斯年向来最痛恨不讲民族气节的儒生文士，对他的先祖傅以渐当年没有率领梁山一带的英雄好汉参加抗清复明运动，挥动花和尚鲁智深遗赠的月牙铲，或天杀星黑旋风李逵喝了宋江端来的毒酒砰然倒地后遗落在家乡的黑铁铜头板斧，来个“驱逐鞑虏，恢复中华”，且还参加了满清入关后首次乡试、殿试，得中顺治朝状元并做了满清王朝的高官大员，一直耿耿于怀，深以为耻。对与自己同一时代的亲朋故旧、同事友好，在民族危亡的紧要关头，不顾名节和民族大义，甘愿为日本小鬼驱使的大小知识分子更是深恶痛绝，恨不得立即将其擒获，按入老虎凳罐一顿辣椒汤，或干脆推出辕门斩首而后快。据傅斯年研究专家王沉森对存在台北史语所的“傅斯年档案”整理研究，发现许多细节都与傅氏具有强烈的民族主义情绪有关，比如他特意收集一小袋有关郑成功坟墓、祠庙的照片，并在其中一张照片背面题道：“民族主义者郑成功起义的地点是南安县东文庙。”又如他在抗战胜利后马上写信到北平问文天祥祠是否无恙，后来当他为开除日据时代北大“伪教员”一事与北平教育界闹得不可开交时，请视察北平的蒋介石与自己同游文氏祠，并合照于“万古纲常”的匾额之下。这种民族主义情绪还表现在更细微之处，如傅斯年在记笔记时，将有关中亚历史者列为“虏史”；又如傅氏读凌廷堪《校礼堂文集》，作者主张以历史上几个胡人政权为正统的文字时，便写了不少眉批痛斥凌氏。此外，还将民族主义情绪发展为对教会学校的排斥与竞争。当年傅斯年与陈寅恪等竭尽全力耗巨资购买从故宫流出的明清内阁档案，其中一个很大的原因就是怕这批珍贵资料流落到燕京大学，尤其是日本人之手。更有甚者，傅斯年曾说过，宁愿中国赤化，也不愿做日本的殖民地。而在史语所大举校《明实录》时，历史学者吴丰培来函建议参校日本的善本，傅氏回答说，“即使日本有善本也不用”。
正是内心存有这样一股强烈的民族主义情绪，1945年10月底，傅斯年由重庆飞往北平处理北大事宜，陈雪屏等人到机场迎接，傅走下飞机第一句话就问陈与伪北大教员有无交往，陈回答说仅限一些必要的场合。傅闻听大怒道：“汉贼不两立，连握手都不应该！”当场表示伪校教职员坚决不予录用，全部都要屎壳郎搬家——滚蛋。同时表示要请司法部门将罪大恶极的儒林败类捉拿归案，打入囚车木笼，来个“斩立决”等。蜗住在北平的伪教员们闻听傅斯年摆出一副秋风扫落叶式的无情模样，既惊又怕，特别是按照陆军总部“征调”伪敌人员服务办法，已经进入补习班任教的伪北大教授，更是恼羞成怒，不仅四处鼓噪，还企图浑水摸鱼，负隅顽抗。伪教授们经过一番密谋，暗中联合起来以罢课相要挟，不承认自己属于伪敌人员被“征调”，而是国立北京大学永久的合法教授，并纠集起来共同向时任国民党北平行营主任李宗仁请愿，强烈要求入主复员后的北大，继续担当传道授业解惑、万世不朽的人类灵魂工程师。为表示自己的正统与合法性，伪北大教授、古器物学家容庚于11月7日北平《正报》发表了致傅斯年的“万言书”，借此抗议并为自己的行为辩护。书曰：
孟真足下：
卢沟桥事变正当庚南归过汉之时。在粤逗留四月、北平已陷，南京岌岌。庚以燕大职责，乃复北归，黾勉四年，成《重订金文编》、《商周彝器通考》数书。教育部授以二等奖状。中央研究院史语所继续聘为通信研究员，不虞之誉诚非所堪，差幸不见弃于国。太平洋事变，燕大教务长司徒雷登先生握手告余曰：“吾辈希望之日至矣。”庚亦自念吾国百年积弱，庶几奋发为雄乎！燕大复校于成都，同仁多西去，八妹媛亦从之而西。而庚独眷恋于北平者，亦自有故：日寇必败，无劳跋涉，一也。喜整理而拙玄想，舍书本不能写作，二也。二十年来搜集之书籍彝器，世所希有，未忍舍弃，三也。“不曰坚乎，磨而不磷；不曰白乎，涅而不缁。”素性倔犟，将以一试余之坚白，四也。沦陷区之人民，势不能尽室以内迁；政府军队，仓黄（皇）撤退，亦未与人民以内迁之机会。荼毒蹂躏，被日寇之害为独深；大旱云霓，望政府之来为独切。我有子女，待教于人；人有子女，亦待教于我。则出而任教，余之责也。策日寇之必败，鼓励学生以最后胜利终属于我者，亦余之责也。以施教于燕大者施教于北大，于其暇日，复成《卜辞研究》、《倪瓒书之著录及其伪作》数种。……当北大等校之迁于西南，而伪政府之重立三校也，课程依旧，优先聘任留平之旧教职员。除增日籍教授每院数人，及增加日文每周数小时外，实无若何之变更。不知所谓奴化教育者，将何所指。日寇之所望于学校者，欲使学生时间一半读书，一半为之工作。则教职员生活所需，皆可配给。遭同仁一致之拒绝。吾辈多专心教书，而兼政府职务者甚少。《剧秦美新》之文，固忧为之！然而借以媚日取荣者亦甚少。日寇之不得呈志于教育界，自沦陷以迄于今。教员之苦，至近两年而极。教授最高之月俸，曾不足以购百斤之米，或一吨之煤。故破衣恶食，斥卖书籍家具以为生者比比皆是。兼任讲师，受苦尤甚。至有步行往返四小时于道路而授课二小时者。其所得远不如卖烟拉车之辈为优。坚（艰）苦卓绝，极人世悲惨之境，果为何乎？固知吾国之不亡，教育之不当停顿，故忍受而无悔也。汉奸乎？汉忠乎？事实俱在，非巧言所能蒙蔽者。固愿受政府之检举裁判而无所逃避。在日寇则视吾辈为反动，在政府之视吾辈为汉奸，啼笑皆非，所谓真理，固如乎。天乎，尚何言哉！
……北平警官学校，未闻以伪逆见斥，而施之于三校者，无他，饭碗问题也，接收诚易事，政府当不吝此数月之经费。明年合流，在昆明之北大迁回北平，则教员之聘任，尚志尚功，有难言者。即以古文字古器物而言，在真校则有唐兰，在伪校则有庚。以言尚志，庚自不比相从患难之唐兰。以言尚功，则经验之富，著述之勇，苟有量才
之玉尺，正不知孰为短长。一校既不能兼容并包，何去可取，殊难斟酌。余谓此无虑之见也。
容庚 白对容氏这种汉奸还是汉忠、之乎者也的巧言诡辩，傅斯年嗤之以鼻，毫不妥协，并在与北平驻重庆特派记者约谈中，爱憎分明地表白了自己的观点。1945年12月2日，北平《世界日报》对谈话内容作了披露：
北大代理校长傅斯年，已由昆明返渝，准备赴平，顷对记者谈：“伪北大之教职员均系伪组织之公职人员，应在附逆之列，将来不可担任教职。至于伪北大之学
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