除了对准政府，似乎永远处在亢奋中的学生们还经常把矛头对准号称由“猪崽”议员们组成的“腐败之家”——国会。蒋梦麟清楚地记得，有一天下午，几千名男女学生包围了国会，要求取消议程上若干有关教育的议案，结果学生与守卫警察发生冲突。若干学生气愤之余，竟在几天之后从天津偷偷运来三颗炸弹准备去炸议会，但“这事被我们劝阻了，总算没有见诸行动，炸弹也运出城外丢到河里。几个礼拜之后，一位渔夫捡到其中的一颗炸弹，他把炸弹提在手里摇来摇去，希望弄清楚里面究竟是什么东西。轰隆一声，炸弹爆炸，炸得这位好奇的渔人血肉横飞。警方认为这颗炸弹是革命时期投下河去的，因此根本未进行任何调查”。北大当局与那运炸弹的学生算是躲过了一劫。
面对形形色色的学潮和暴力与反暴力行动，十几年后，在昆明防空洞中就着惨淡昏黄的菜子油灯回忆这段往事的蒋梦麟，颇有洞见地总结道：“学生势力这样强大而且这样嚣张跋扈，除了我前面所谈到的原因外，另一个原因是这些学生当时多半是统治阶级的子女。学生的反抗运动，也可以说是子女对父母的反抗。做父母的最感棘手的问题就是对付桀骜不驯的子女，尤其是这些子女的行为偏偏又受到邻居们的支持。工人们情形可就不同了，他们的父母或亲戚，既不是政府大员，也不是社会闻人，因此他们命中注定要挨警察的皮鞭或军队的刺刀。只有在学生领导下，或者与学生合作时，工人才能表现较大的力量。”蒋氏之言可谓一针见血，入木三分，真正道出了当时的学生运动与社会形态的内在原因。随着学潮一浪接一浪涌动不息，原本躲在背后暗中操纵和鼓动的教员，也因欠薪、改革和官僚们腐败等问题，与时俱进地纷纷走上前台，向学校当局或政府公开叫起板儿来。如1921年6月，北京大学与其他七个国立大专学校的几百名教员“为饭碗的问题”（陈独秀语）掀起风潮，直至发生到总统府请愿讨要欠薪造成流血事件发生。教员们在学生们大队人马簇拥下，浩浩荡荡地来到教育部，强迫部内大员与闻讯赶来居中调停的八校校长到总统府请愿。结果是，当不情愿的教育部次长马邻翼与八校校长被教员与学生裹挟着来到总统府门前时，沉寂的大门轰然洞开，大批武装宪警蜂拥而出，刺刀乱刺，枪把乱劈。年龄略长的教员和女学生纷纷跌入浊水游荡的沟中，有的满身泥泞，有的一脸血污，叫的叫，哭的哭，乱成一片。法政大学校长王家驹像死人一样躺在地上，纷乱的脚步从他身上脸上踩过，差点被踩成人肉饼子。领头的北大国文系教授马叙伦（夷初）额头被打肿一块，鼻孔流血，嗷嗷大叫。对于此次流血事件，向来不赞成闹风潮的胡适在事后的日记中，有些自责地记述道：“我这一年半以来，太‘不好事’了。因为太不好事，故我们竟让马夷初带着大家乱跑，跑向地狱里去！”
蒋梦麟则更是深有感触地说：“多事的那几年里，差不多没有一月不发生一两次风潮，不是罢课就是罢工。在那时候当大学校长真是伤透了脑筋。政府只有偶然发点经费，往往一欠就是一两年。学生要求更多的行动自由，政府则要求维持秩序。严守纪律，出了事时，不论在校内校外，校长都得负责。发生游行、示威或暴动时，大家马上找到校长，不是要他阻止这一边，就是要他帮助那一边。每次电话铃声一响，他就吓一跳。他日夜奔忙的唯一报酬，就是两鬓迅速增加的白发。”对这一段不堪回首的岁月，已是58岁，蹲在昆明地下防空洞走笔龙蛇的蒋梦麟慨叹曰：“我记下这些往事以后，又做了场噩梦，有时看到青年男女横尸北京街头，有时又看到宪兵包围北京大学要求交出群众领袖。梦中惊醒之后，辗转反侧无法安枕，一闭上眼睛，一幕幕的悲剧就重新出现。”
所谓日有所思，夜有所梦，蒋梦麟此说并不虚妄，当是苦思焦虑的结果。此时的西南联大已今非昔比，党派渗透，各种政治势力介入，使原本较为平静的校园变得风生水起，波诡云谲，不知什么时候就将发生夺梦惊魂的血腥事件。而这个时候，蒋氏对西南联大那些所谓的左派文人如闻一多、吴晗等辈的嚣张气焰，颇看不顺眼，深感西南联大在闻、吴等“另类”人物的暗中操纵下，已卷于党派政治斗争的急流旋涡而不能自拔，血腥之气已在整个联大校舍弥漫飘荡。面对这一险象环生、处境难料的艰危情势，蒋梦麟感到自己桑榆已晚，寒秋将至，再也无力与之抗衡和周旋了，对联大局面逐渐失去信心，最终产生了对傅斯年所说“联大局面之下无办法，一切待将来”的颓废之想，以及“北大没有希望”等消极心理。在这一悲观、颓唐的心理作用下，蒋氏开始为自己的前程打算，并考虑脱身之计。因了这诸多方面的缘由，便有了傅斯年给胡适信中所言，蒋与北大教授之间的感情越来越“不算融洽”了。
除了以上的缘由和心理动机，还有一点令蒋梦麟感到心理恐惧的是，时逢乱世，若遇到一个善良宽厚的名主，知识分子们尚可苟延残喘，甚或人五人六地生存下去。而一旦遇到焚书坑儒的秦始皇帝，或比秦始皇帝还要恶劣霸道的新主子，那就不是一场“知识分子改造运动”可以了结的了。稍有不慎，即身陷囹圄，甚至遭遇灭门之灾。在这历史动荡的转折点上，宁肯做一个政府无聊的幕僚或帮闲，也比做一个朝不保夕、奔波忙碌的“丐帮”帮主要平稳安全得多。此次入主宋子文幕府，说不定通过宋氏家族的斡旋，还可以顺梯登天摘月，捞取更大的高官厚禄，以便获得在童年时代心向往之的家乡那位学台“封藏在箱子里面的神秘礼物”。——正是怀揣这样一个辉煌的梦想，蒋梦麟才不顾北大同仁和士林好友们的竭力劝阻，甘愿在宋氏小朝廷效犬马之劳而置联大于不顾。至于西南联大解体之后北大何去何从，是有希望还是“无希望”，是死是活，已决心入主宋氏堂庙的蒋梦麟就顾不得许多了。
在学界一片惋惜、困惑甚至怨怼、斥责声中，国民政府于同年8月免去蒋梦麟北京大学校长职。经蒋介石授意，政府欲任命有“大炮”之声誉的傅斯年为北大校长，以维持局面。蒋介石之所以让傅斯年出面收拾联大残局，主持北大复员工作，并非一时头脑发热，确是经过一番深思熟虑的。傅斯年本身是一个自由主义知识分子，同时也是知识分子群体中享有很高威信的代表人物，但傅又具有热心公事、疾恶如仇的性格，正如他在致胡适信中所说，往往把公家的事弄成了自己的事，最后成为“亦官亦学”之人。恰恰是傅的威望、性格与对政府的忠诚拥护等条件，令蒋介石作出了如此决定。早在1945年2月26日，蒋介石侍从室高级幕僚唐纵，就奉命与原北大教授，时任《中央日报》总主笔，号称国民党权威理论家的陶希圣，交谈过知识分子与政府的关系问题。唐纵当天做了这样一段记录：“与希圣谈转移自由分子对政府之恶感，希圣认为胡适之为最恰当之人物，可惜适之不能归。其次傅斯年对西南联大亦颇能影响，如果自由思想派能了解政府，则青年学生不致为共党所愚。”
陶氏这一见解在被唐纵接受的同时，对蒋介石自然要产生影响。事隔几个月，身处乱离之世的傅斯年因历史的风云交会被委以重任，但他的头脑尚属冷静，深知北京大学在天下儒林中的分量，更深知此时还有一个比自己威望大得多的学界领袖胡适远在美国，而胡适才是收拾西南联大残局、复兴北大的“最恰当之人物”——尽管傅斯年并不知道陶希圣对唐纵所说的话，更不是所谓的“英雄所见略同”，因为胡适在学界的地位则是众人皆知的。就像当年清华研究院成立之初胡适没敢忽视王国维、梁启超的存在一样，傅氏同样没敢忽视胡适这个高大身影的存在，只要胡老师一息尚存，自己是万万不能迈过锅台上炕，窥视北大第一把交椅的。于是，傅遂向朱家骅建议，让德高望重的胡适回国主持北大事务，自己可做胡氏大旗下的一个大字号喽啰摇旗呐喊，擂鼓助威。朱闻听此言，出于复杂的考虑，对胡适颇不以为然，且对傅的荐举表示冷淡。但傅斯年既不上任，又令朱很感为难，只好推托此举是禀承党国最高领袖介公的旨意，不好擅自更改，否则将有“欺君之罪”，如傅氏坚持不就，可径自奏明介公，与教育部无涉云云。朱的一番说辞，傅斯年觉察有推托之意，但仍不改初衷，决心让自己尊敬的胡老师来坐北大第一把交椅。
8月17日，傅斯年决定放手一试，径自上书蒋介石，动之以情，晓之以理，为自己不敢承袭如此名誉和重担开脱。书中说道：
日昨朱部长骝先先生，以尊命见示，谓蒋梦麟先生之北京大学校长出缺，即以斯年承乏。骝先先生勉之再三，云出于钧裁，强为其难。伏（夫）思斯年以狷介之性，值不讳之时，每以越分之言，上尘清闻；未蒙显斥，转荷礼遇之隆，衷心感激，为日久矣。今复蒙眷顾，感怀知遇，没齿难忘。惟斯年赋质电戆，自知不能负荷世务，三十年来，读书述作之志，迄不可改。徒以国家艰难，未敢自逸，故时作谬论。今日月重光，正幸得遂初志，若忽然办事，必累钧座知人之明。兼以斯年患恶性血压高，于兹五年，危险逐年迫切，医生告诫，谓如再不听，必生事故。有此情形，故于胜利欢腾之后，亦思及觅地静养之途，家族亲友，咸以为言（然）。若忽任校务，必有不测，此又求主席鉴谅者也。
傅斯年开头所说的显具六朝骈文特性的几句话，单从行文来看，尽管有官场惯用的套话与阿谀奉承的气味，但也不乏真诚。作为文章斫轮老手，傅氏在分寸的拿捏上不失为恰到好处，无论是自谦还是抬捧，并不显生硬，对方心中一定很爽并愿意笑纳的。而“每以越分之言”等句，想来二人都心照不宣，自是孔祥熙被罢官的暗指，而孔氏之丢掉官帽，蒋介石是在迫不得已的情形中，不惜得罪夫人宋美龄和树大根深的孔氏集团与姻亲宋蔼龄，于痛苦中作出的抉择。凡事一有被迫，被胁迫之人自是对胁迫者心怀怨恨，此为人之常情。尽管各自肚中明白，却不能解释，一解释就是弄巧成拙。傅借此次事件以隐喻的方式巧妙地旧事重提，显然地是把对方置于了一个夹道跑马不能回马的境地，而此时的蒋公对傅的“越分之言”当是更进一步理解与释然了。在傅斯年这边，仅是对旧事和自己的“忠心”理解和释然是不够的，必须拿出过硬的理由让对方在保持权威和面子的情况下收回成命，绝不能让一个国家元首感到自己令不能行，并为此恼怒或失落，更不能让蒋公心中萌生傅氏此举乃骄狂自大，甚或狗坐轿子——不识抬举的印象。于是有了傅斯年祭出“恶性血压高”这一撒手锏，以保全于万一。傅氏之说并非故弄玄虚，后来赴台湾出任台大校长就是因此病而倒于讲台。在重庆时，孔祥熙经常对人放风，“听说傅斯年快不行了”，也是缘于此恶症，想来蒋介石读到此处，会多少有点感动并生出一丝谅解之情的吧。
当然，傅斯年上书的目的不仅在此，根据肥水不流外人田的古训，既然聚义厅这把椅子自己不愿或不便来坐，也不能便宜了别人，总要自家弟兄来坐才好。于是便有了下面这妙文：
抑有进者，北京大学之教授全体及一切有关人士，皆盼胡适之先生为校长，为日
有年矣。适之先生经师人师，士林所宗，在国内既负盛名，在英美则声誉之隆，尤为前所未有。今如以为北京大学校长，不特校内仰感俯顺舆情之美；即全国教育界，亦必以为清时佳话而欢欣；在我盟邦，更感兴奋，将以为政府选贤任能者如此，乃中国政府走上新方向之证明；所谓一举而数得者也。适之先生之见解，容与政府未能尽同，然其爱国之勇气，中和之性情，正直之观感，并世希遇。近年养病留美，其政府社会，询咨知昔，有助于国家者多矣。又如民国二十四年冬，土肥原来北平，勾结萧振瀛等汉奸，制造其华北特殊化，彼时中央军与党部撤去久矣，适之先生奋臂一呼，平津教育界立刻组织起来以抵抗之，卒使奸谋未遂，为国长城，直到七七。盖适之先生之拥护统一反对封建，纵与政府议论参差，然在紧要关头，必有助于国家也。今后平津将仍为学校林立文化中心区，而情形比前
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