从蒙自撤往昆明的联大文法学院，因事出仓促，当师生陆续到达后，但院址尚无着落。据知情者说，筹划此事颇为不易，“初议江西会馆，但稍有眉目，而工学院主持者，又要抢用。嗣闻另有力者，或亦需用江西会馆。则工学院能得与否，尚未可知。”
就在江西会馆你争我夺，鹿死谁手尚难定论之时，蒋、梅二常委又派出陈福田、张奚若、陈岱孙三个系主任前往晋宁盘龙寺一带查勘，终因地势狭小荒芜、不堪应用而作罢。正在左冲右突了无着落之际，忽闻当地政府指令昆明城内各中学、师范学校移散乡县僻静之处，于是陈福田、张奚若等乃竭力串通蒋、梅二常委，外加潘光旦、冯友兰等实力派人物，租用昆明师范和农校等全部校舍，将联大文法学院师生迁入。这个决定公布后，一度得到部分教授的不满和抵制，浦薛凤则明确表示：“其意一若人愚我智，人怯我勇者。师范当局，已将校产之可搬动者，悉数运走。目睹光景，心殊不安。”
浦氏等教授的担心与不满自有道理，事后发生于师范学院的一次惨烈轰炸也证明了这一预感的正确，但在如此众多师生已云集昆明而学校又无处安置的艰难处境中，迁入师范学院亦是一个便捷的解决之道。未久，蒙自转入的大多数师生迁入昆师与农校，另有一少部分对易经和风水较有研究的教授，感觉此处乃属卦相所谓“主大凶”之地，一旦住进，很可能落个人财两亡的结局。于是自行在郊外租房居住，学校当局正好落得个清静，一概照准。
此时，比吴宓等人早一些时候来昆明的陈寅恪，由于兼职的关系，住进了中央研究院史语所在昆明租赁的靛花巷青园学舍楼上——这是他自北平与史语所同仁分别四年多来再次相聚。想不到刚刚安顿下来，又一个不幸的消息险些将其击倒。在离北平的时候，陈寅恪曾托侄子陈封雄把一批书籍邮寄到长沙一个位亲戚家，以便自己到达后取用。想不到这批书直到陈氏一家离开长沙后一个多月才收到。更想不到的是，1938年11月日军攻占岳阳逼近长沙，国民党军事高层欲实施坚壁清野战略放火烧城，因执行具体任务者发生误会，于12日夜间突然自行放起火来，长沙顿成一片火海，不知内情的百姓在大火浓烟中号啕悲呼，四处蹦窜，设法逃生。结果是，一场大火毁房5万余栋，死伤市民2万余人，数十万人无家可归。陈寅恪亲戚的住处也未免劫难，房屋俱被烧毁，而陈氏寄存的书籍也化作灰烬。这场灭顶之灾使陈寅恪一生积赞的心血结晶和心中最后一丝希望宣告破灭，禁不住潸然泪下。
不幸之中的万幸是，昆明的条件优于蒙自，况且还有一个藏书大户史语所在此，陈寅恪得以借到所需书籍应急，其在联大开设的《两晋南北朝史》和《隋唐制度渊源论》课业得以不缀。
陈寅恪居住的靛花巷青园学舍临近昆明城北门，联大教室则位于昆明文林街，每逢上课，陈寅恪都需步行一里多路到校。此时他的右眼视网膜剥离，仅剩左眼视力勉强看书授课。陈氏仍像当年在清华园一样，每次上课都用一块花布或黑布，包着一大包书向教室匆匆走来，至时满头是汗，却从不迟到。有学生不忍见一只眼睛已盲的史学大师如此辛苦劳累，主动提议每到上课时前去迎接，并帮助拿书，遭到婉拒。据一位学生回忆“陈先生上课一丝不苟，多数时候先抄了满满两黑板资料，然后再闭上眼睛讲。他讲课总是进入自我营造的学术语境或历史语境，似乎把世事都忘得一干二净。某日，第一只脚甫踏入门，距离黑板尚远，陈师即开始讲述，谓上次讲的……随即走近桌旁，放置包书之包袱，就坐于面对黑板、背朝学生之扶手椅上。讲述久之，似发觉座位方向不对，始站起身搬转坐椅，而作微笑状。有时瞑目闭眼而谈，滔滔不绝。”时在北大文科研究所任助教的邓广铭慕陈寅恪才学与声名，经常跑到联大教室旁听，获益颇丰。对此，邓氏回忆说：“虽然因为我的根底太差，对陈先生所讲授的未必能有深切的体会，但反思在那一年多的时间之内，我在治学的方法方面所受到的教益，较之在北大读书四年所得，或许可以说是有过之而无不及的。”
陈寅恪人格学问，不仅得到了傅斯年与史语所学界大腕与年轻弟子们的尊重，即是当年同在清华大学任教的冯友兰、朱自清等辈也倍加敬重。1934年清华大学出版的《清华暑期周刊欢迎新同学专号教授印象记》，曾有一段对陈寅恪的描写：“在清华大学的校史中，流传着许多关于陈寅恪先生的趣谈。例如，哲学大家冯友兰先生的学问可谓不小了，从1928年入校起，当过秘书长、文学院长，以至数度代理校务，在清华可称为上乘人物了。但每回上中国哲学史课的时候，总会看见冯先生十分恭敬地跟着陈先生从教员休息室里出来，边走边听陈先生讲话，直至教室门口，才对陈先生深鞠一躬，然后分开。这个现象固然使我们感到冯先生的谦虚有礼，但同时也令我们感到陈先生的实在伟大。”从这个记载中可以看出，陈寅恪的威望和名声在他步入清华园不久，即凭着他的才学与人格力量，已深入人心并得到同仁的普遍尊敬。许多年后，哲学家金岳霖不无感慨地回忆道：“寅恪的学问我不懂，看来确实渊博得很。有一天我到他那里去，有一个学生来找他，问一个材料。他说：你到图书馆去借某一本书，翻到某一页，那一页的页底有一个注，注里把所有你需要的材料都列举出来了。你把它抄下，按照线索去找其余的材料。寅恪先生记忆力之强，确实少见。”
靛花巷青园学舍小楼共分三层十八间，史语所人员撤往龙头村后，此楼成为北大文科研究所的大本营，但傅斯年等史语所人员进城，仍住一楼。陈寅恪因兼任北大文科研究所历史组导师，一直在此居住。据当年在该所就读的学生周法高回忆：“研究生住在三楼两间大房里面，加外两小间，一问住的是陈寅恪先生，一间住的是汤用彤先生。罗常培先生是住在二楼。另外还有助教邓广铭先生和事务员郁泰然先生（郁是刘半农的亲戚，江阴人）。此外还有英文导师叶公超先生。”又说：“他（陈寅恪）本来是清华的教授，可能是因为他是傅斯年先生的亲戚和好友的关系，又住在靛花巷的楼上，就担任研究所史学组的导师了。不过他的脾气也真不小，可能是由于健康不佳的关系吧！我们和他同住在三楼，彼此从不交谈。有一次大概他午睡的时候，有一个客人慕名来看他，他一直打躬作揖把那个人赶下楼去。又有一次，二楼罗常培先生的房里研究生满座，闹哄哄的，那时大概九十点钟吧，听到楼上陈先生用手杖重重地把楼板敲了几下，罗先生吓得赶快偃旗息鼓。”
周法高的回忆，向世人透露了陈寅恪因疾病缠身而导致脾气暴躁与格外威严的一面，同时也透露了另一个信息，那就是陈氏有睡早觉和午觉的习惯。1942年8月30日，陈寅恪在给傅斯年的信中说：“弟之生性非得安眠饱食（弟患不消化病，能饱而消化亦是难事）不能作文，非是既富且乐，不能作诗。平生偶有安眠饱食之时，故偶可为文。而一生从无既富且乐之日，故总做不好诗。古人云诗穷而后工，此精神胜过物质之说，弟有志而未逮者也。”此信是后来陈寅恪携家从香港逃出抵达桂林时，因家累与身体原因不能速返时已迁往四川李庄的史语所，而专门向傅斯年做的解释。但从这几句解释中可知陈氏之睡早觉、午觉，甚或感情冲动，爱发火等是确有缘由的。另据傅斯年1942年8月31日致中央研究院总干事叶企孙信中言：“其实彼（指陈寅恪）在任何一处一样，即是自己念书，而不肯指导人。”又，傅斯年以开玩笑的口气说“本所几个老年助理，他还肯说说，因此辈常受他派查书，亦交换方便也。一笑。”按傅斯年透露的信息，此时的陈寅恪不理睬周法高辈，是合乎其性格和处世方式的。只是陈氏这个看起来与别人毫无关系的习惯，竟把傅斯年折腾得好苦。
傅斯年来到昆明后，为尽到北大文科研究所代理所长的责任，经常在靛花巷三号的青园学舍一楼居住。此时日机已对昆明展开大规模空袭，而发生于9月28日的最早一次轰炸就使迁入昆明师范学院的联大师生受到重创。当时的浦薛凤虽然竭力反对进住师院并因此而“心殊不安”，但因一时租不到居处，只好随文法学院部分教授如金岳霖等迁入。想不到进住不久，敌机轰炸开始。警报响起后，金岳霖、皮名举、刘晋年等五六人，未及时离开，等到看见银灰色敌机一排飞临上空，顿感不妙，急避图书馆内俯伏，扫射与爆炸之声随之响起。最后挤进的一个学生“哎哟”一声大叫，鲜血已顺着额头流淌下来。瞬间一枚炸弹落入图书馆楼后房顶，巨大的爆炸力将楼上一个南开籍学生冲出窗外，身无伤痕而亡，是为震死。片刻工夫，校园大楼正门破碎，窗尽震毁，一座洋房尽成瓦砾，不复辨认。两位联大校工和两名学生被炸后横尸校园。时联大校方正组织学生在昆师集训，一集训大队长躲警报稍迟，被炸弹劈成三段，下身半段尚在墙内网球场边，头部则飞至墙外操场上，所带两个小孩一同遇难，身首异处。敌机飞走后，外出躲警报回归的浦薛凤见校内一片狼藉，“尸身家属正哭场中，匠人则正挥斧做棺”，望之凄然。
当此之时，住在靛花巷史语所楼上的陈寅恪等人，同样遭受敌机轰炸的威胁，为了躲避空袭，傅斯年命人在楼前空地挖了一个大土坑，上盖木板以作防空洞之用，但坑里经常水深盈尺。住在三楼的陈寅恪一遇到警报，不惜带着椅子坐在水里，一直等到警报解除。为此，陈寅恪曾专门作过一副带有调侃意味的对联：“闻机而坐，入土为安。”“机”，是指日本的飞机，“入土”者，入防空洞也。每次警报一鸣，众人争先恐后向防空洞奔跑，尽快“入土为安”。这个时候，身体虚弱的陈寅恪不但右眼已经失明，左眼也开始患疾，视力模糊，行动极其不便。又由于有睡早觉和午觉的习惯，傅斯年怕陈氏听不到警报或听到警报而因视力不济遭遇危险，每当警报响起，众人大呼小叫地纷纷向楼下奔跑，傅斯年则摇晃着肥胖的身躯，不顾自己极其严重的高血压和心脏病，喘着粗气，大汗淋漓地向楼上急奔，待跑到三楼把陈寅恪小心地挽扶下来，送进防空洞“为安”，才算了却了一件心事，此举在昆明学界传为佳话。正是由于陈寅恪、傅斯年等人的密切合作与共同努力，才使一个并不为时人所重的历史语言研究所一跃成为中国史学研究的中心，并开一代史学研究之风气。许多年后，曾追随陈寅恪治学的史语所历史组研究员劳榦在台湾孤岛上回忆往事的时候说道：“二十年来的历史研究，国内几个好的大学及研究机关，虽然都有他的贡献，但孟真主持的中央研究院历史语言研究所以及北京大学文科研究所，的确能做到中心地位。尤其历史语言研究所的有关历史部分在陈寅恪先生以历史学先进、谨严而渊博的方法领导之下，影响尤深。”此为赞誉，也是实话。
史语所撤出昆明迁入郊外龙头村后，陈寅恪的日常生活主要由好友、联大外文系的吴宓照应。当时吴宓住在玉龙堆，也就是后来改建的云南大学校门附近，与靛花巷相隔不远。每有警报响起，吴宓立即抛下手中事务，跑到陈寅恪居住的楼上将其扶下，因靛花巷楼下的防空洞过于狭小，吴不乐意委屈自己，乃携陈寅恪向远一点的山中躲避。好在穿过云大校园至环城北路就是白泥山（南按：吴在日记中称“第一山”），或越过古驿道至小虹山（南按：吴称“第二山”），二者路程皆不远，且山下苏家塘村还有几个茶点水果和烧耳块的小铺子，敌机来之前和之后可在此小住休息，吃些茶点之类的食物充饥，顺便打发无聊的时光，算是一个驻足歇息的好处去。据吴宓1940年10月28日（星期一）日记载：
晴。晨，上课不久，7：15警报至。偕恪随众出，仍北行，至第二山避之。12：30敌机九架至，炸圆通山未中，在东门扫射。时宓方入寐，恪坐宓旁。……2：00同恪在第二山前食涂酱米饼二枚。
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