陈寅恪与政治系教授浦薛凤（号逖生）及一女生，在安南乘火车于4月23日下午4时才抵达碧色寨，尔后转乘小火车到达蒙自海关旧址，时已暮色苍茫，在与朱自清等教授见面后，方知临时大学已改为国立西南联合大学。而原设在西安的临大，也已迁往汉中，改为国立西北联合大学了。第二天，经与分校总务主任樊际昌商量通融，陈寅恪与浦薛凤、沈乃正等三教授没用抽签，即允准移住歌胪士洋行楼上一大一小相通的两室，浦、沈住外面一大间，陈寅恪独住里面一小间。一个星期后，闻一多由昆明来蒙自，住歌胪士洋行楼上二号一室。教授房中设备统一配置，分别是每人板床一张（三块板两张长凳拼铺而成），书桌一，木椅一，洋油灯一，余则一无所有。因条件实在过于简陋，陈寅恪等各出四元钱，每人向歌胪士洋行购得旧藤椅一把，后来的教授虽欲出重价索购，但藤椅早已售光，只能因陋就简，应付度日了。
由长沙经香港、安南赴滇时，陈寅恪把自己随身携带的文稿、拓本、照片、古代东方书籍，以及经年批注的多册《蒙古源流注》《世说新语》《五代史记注》等，连同部分文献资料，装入两只木箱交于铁路部门托运——这是他几十年心血凝聚并视之生命的珍贵财富。万没想到的是，待陈氏赶到蒙自，雇人力车夫将运来的木箱拉到居住处兴冲冲打开校点，却发现箱内只有砖头数块，书籍等物踪迹绝无。面对如此惨状，陈寅恪当场昏厥。后据校内同事分析推断，很可能木箱在越南海防换滇越火车时发生了变故，而盗窃者可能就是铁路行业内部的不法分子，他们误以为箱内盛有金银珠宝，或其他贵重物品，遂想法窃走，因多数书都由包袱或其他物包藏，窃贼并不以为是书，或以为书中夹有重金。为防盗事过早暴露，另易砖头数块入箱内，以此蒙混过关。可以想象的是，当盗贼们怀着满腹发财的欲望在暗处打开包袱，发现包藏的竟是一堆破旧书籍时，一定气得七窍生烟。而流亡西南的陈寅恪眼望一堆砖头和两只空箱，自是悲愤交加，顿足捶胸，徒叹奈何？奈何？！
陈寅恪所丢之物，并不是传统意义上所谓的“珍籍秘本”，而是他曾花费无数心血用蝇头小楷，在书眉详细记录相关资料以及自己心得的批注本，其间有蒙古史、佛教史和古代东方书籍。这一批眉批本，可说是他研究工作的“半成品”，是心血与思想的结晶，若在此基础上进一步加工润色，便是一部完整的作品。这些书籍在陈寅恪心中的地位之高和价值之巨，是一切读书人特别是靠读书、著书安身立命的知识分子所能深切体会的。1942年9月23日，陈寅恪在给好友、武汉大学文学院院长刘永济信中，对此次遗失书籍与手稿作了如下披露：
弟廿十年来所拟著述而未成之稿，悉在安南遗失。中有蒙古源流注，系依据其蒙满文诸本，并参稽其所出之西藏原书四库提要所谓咖喇卜经等者，考订其得失。与沈乙庵书大异。后闻伯希和在库伦获元秘史元本，故欲俟其刊布，再有所增删。用力虽勤而原书价值颇不高，今稿既已失去，亦不复谈论此事矣。
又有世说新语注，主旨在考释魏晋清谈及纠补刘注之疏失。
又有五代史记注，其体裁与彭、刘旧注不同，宗趣亦别，意在考释永叔议论之根据，北宋思想史之一片断也。
又凡佛经与之存于梵文者，与藏译及中译合校，凡译匠之得失，元本之为何（今梵本亦非尽善本，有不及译本所依据者。又其所据之本，亦有与今不同者。其异同得失，皆略能窥知）列于校记。今虽失去，将来必有为之者。又钢和泰逝后，弟复苦其烦琐，亦不敢涉及此事。但有巴利文普老尼诗偈一部，中文无今译本，间散见于阿舍经。钢君不甚精巴利文，在北平时未与详校。弟前居柏林时，从德名家受读，颇喜妇人入道之诗，哀而不怨，深契诗经之旨。然俱是公历纪元前作品，尤为可贵。欲集中文旧译并补译及解精（？）其诗，亦俱失去。
正因为这批倾尽了陈寅恪心血与汗水的书籍与稿本遭窃，使若干部可以在短时间内完成的新著不得不加以延迟，甚至成为泡影。如《世说新语笺证》《高僧传笺证》等“半成品”，一直未成完璧，遂成终生憾事。在此期间，还发生了一个小小插曲，即此劫发生17年之后的1955年，栖身岭南的陈寅恪突然收到越南华侨彭禹铭一封信，言其家居西贡，曾到海防搜买旧书，偶得陈氏当年遗失《新五代史》批注本两册，寄存家中。陈寅恪闻讯大喜，急欲见到实物，惜越南政府禁书出口，法令甚严，一时无法携出，只好等待时机。未久，越南战火突起，兵火所及，将西贡数万家变成瓦砾之场，彭禹铭家不幸亦在其内，家藏数千卷古籍尽付一炬，陈寅恪批注本《新五代史》一并化为灰烬。据陈寅恪后来说，他唯一得到的“原箱遗物”，是一位旧时清华毕业生梁秩风辗转买得的《论衡》一部，惜这部书不过是当年为填塞箱子起见，偶尔放置其中，实非欲带之书。对此，陈寅恪在致他的学生蒋天枢信中满含遗恨地说道：“当日两箱中文书及古代东方文书籍及拓本、照片几全部丧失。此时身边旧箱中原物，仅余填补空隙不足轻重之《论衡》一种，可叹也。”
陈寅恪的命运如此，而战时流亡西南的知识分子，在旅途中丢失财物者比比皆是。1937年11月27日，吴宓日记载：“阴，微雨。上午9：00至车站，宓之卯箱已运到，遂自舁归。但已破毁，以绳索之。箱内之黑云丝棉袍亦已为人取去。后此宓将卯箱中物，归并其馀各箱，而此牛津纪念品之卯箱遂不复存矣！”时局动荡，世道如此，面对一幕幕惨象，作为一介知识分子除了扼腕长叹，夫复何言？
遭窃事件使初到蒙自的陈寅恪一病不起，悲愤交加中，仍做着登堂授课的计划。待身体稍有好转，便写信向中央研究院史语所同仁求援。时史语所历史组的劳榦（字贞一）、陈述（字玉书）等人已抵达昆明，并与史语所同仁丁声树、全汉升等借住拓东路663号赵元任家。5月1日，陈寅恪致劳榦、陈述二人信中，以哀伤的笔触写道：“弟到蒙已将十日矣，欲授课而无书。不知史语所之三国志、晋书、南北史、魏书、隋书、通典等在昆明否？如在昆明，无论何种版本（即开明廿五史本亦可），请借出，邮寄或托友人带下均可。如昆明史语所无此类书，则朋友中能辗转借得否？此次来蒙，只是求食，不敢妄称讲学也。”
5月7日，陈寅恪向劳、陈二人追加一函，谓：“三国志、晋书已在此间借得，可以不寄。通典如一时未能借得，亦可从缓。近中央研究院史语所有书箱运到蒙自，借与联大。以无目录，又无人到此点交，故不知其中有无大藏经、四部丛刊、三通在内，请两兄代弟一查，并速示以在何号书箱内为感。此间联大已催史语所派人来蒙自点交，愈速愈好，因有许多功课皆视书籍之有无以为开班与否之决定也。弟俟孟真先生到昆明后当来昆一行，大约在五月底或六月初也。所中同仁均乞代致意。”
劳榦与陈述接到陈寅恪求援信后立即行动，于5月5日寄出第一批书。然而路途关口阻隔，寄送并不顺利。5月12日，陈寅恪在复信中说：“南北史收到，感荷感荷。北史为百衲本，然则百衲本未运到耶？（五日寄南北史，八日即收到。）来示谓本月六日已寄魏书，今尚未收到，乞一查为感。”信未补充道：“蒙自已入雨季，起居饮食尤感不便，疾病亦多，吾侪侨寄于此者皆叫苦连天，想昆明或较此略胜。”
三天后的5月15日，陈寅恪接到劳、陈二人于11日发出的信件，谓大藏经不在昆明而在重庆。焦急中的陈寅恪再发一函述说急迫之情：“大藏经弟急需用，因弟在此所授课有‘佛经翻译’一课，若无大藏则征引无从矣。乞速航空信请重庆速径寄蒙自，不胜感盼之至。魏书今日已收到，谢谢！那君信已收到，所以急盼那君者，为大藏耳。今大藏既在重庆，不知昆明方面尚有哪位可卖或可借否？前云南省长王九龄提倡佛教，曾请欧阳竟无讲经，疑昆明或尚有可借处也。”
陈氏信中提到的那君，指史语所图书管理员那廉君，此前史语所拟派那氏赴蒙自点交寄往联大分校的书籍，陈寅恪欲让那廉君把大藏经一并携往蒙自，想不到昆明无书，希望落空。欧阳竟无，名渐，字竟无，亦称宜黄大师，江西宜黄人，著名佛学家、居士，与陈寅恪属同乡旧识，曾赴昆明讲经并为陈氏所知。
几天后，那廉君来到蒙自欲点交书籍，因涉史语所与联大的运费问题发生纠葛，未能开箱。陈寅恪亦收到劳、陈二人寄送的昆明佛经流通处所刊佛经目录。陈氏看罢，认为可买者不多，遂于5月21日回复道：“兹将目录寄上，乞查收，并希将右列六种购就寄下……屡次烦渎，心感不已，所费邮资谅已不少（如航空信），希示知，以便弟照数奉还。又，高去寻君文稿亦交那君带回，并附一复书，乞转交为荷。”
6月17日，陈寅恪给劳榦、陈述二人再发一函，此为迄今可查的陈氏在蒙自期间发给二人的最后一书。内容如下：
大作均收到，容细读再奉还。弟于七八月间必到昆明，如两兄不急于索还，则俟弟亲带至昆明面还。如急需，即乞示知，当由邮局寄上也。
联大以书箱运费系其所付，不欲将书提出。现尚未开箱，故联大无书可看。此事尚须俟孟真先生来滇后方能商洽解决。研究所无书，实不能工作。弟近日亦草短文两篇，竟无书可查，可称“杜撰”，好在今日即有著作，亦不能出版，可谓国亡有期而汗青无日矣。大局如斯，悲愤之至。匆复。
许多年后，陈氏弟子蒋天枢在《陈寅恪先生编年事辑师门往事杂录》中，摘录了陈寅恪致陈述三封信函，多涉学术方面的问题，陈氏对二人的关爱、呵护、教诲之情溢于言表。在转引6月17日致劳、陈二人信后，蒋氏曾注云：“其时先生漂泊西南，备历艰困，当流亡逃死之际，犹虚怀若谷，奖掖后学，孜孜不倦。其以文化自肩，河汾自承之情伟矣！录上四信，藉见先生彼时情怀。世之读上录函件者，其亦省识先生当日感愤之深欤？”
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