无论是北大时代还是抗战之后，胡与顾的关系较为隐秘，对于二人的交往外界熟知者不多。而一直对顾颉刚心怀不满的傅斯年始终蒙在鼓里。如果傅氏知道胡与顾的密切关系，胡不可能进入史语所工作，即使阴差阳错进了史语所，也会被傅斯年踹出门外。胡福林与顾颉刚一直隐而不宣，自是胡氏的聪明之处。按照石璋如推断，当在昆明龙头村的胡福林得知中研院可能还要迁徙的消息后，“觉得未来难料，就与以前的老师顾颉刚联系……顾的兼职很多，表面上不活动，可是实际上很活跃。北平研究院当时在黑龙潭，顾颉刚住在龙头村西北边、隔金汁河就到黑龙潭的浪口村。……既然浪口村与龙头村不远，可能顾就与胡厚宣有联系。”
石氏的猜测确实不错，许多年后，胡福林对这段经历交代说：“正在云南任教的顾颉刚先生，时居乡下离我处不远的浪口村，先生时常遣师母于去‘街子’（集市）时，带字条给我，命查找资料。而钱穆先生亦随联大来西南，只播迁途中，家人皆留苏州，先生即东归探母。此时顾先生已与哈佛燕京学社商得专款，于迁校成都之齐鲁大学创国学研究所，他邀请教书于西南联大的钱先生和我任研究员。顾先生告，齐鲁大学有明义士所藏甲骨需要整理，故约我同往。这样，在史语所即由昆明迁往四川时，我于1940年转往成都来到齐鲁大学。而钱穆先生亦于同年在返乡侍亲一年后，经重庆抵蓉。”
胡福林所说的这位明义士，原是加拿大教会中人，英文名James
Mellon，曾受教会派遣来中国安阳一带传教，见当地的甲骨具有文物和学术价值，趁机收购保存了一批有文字甲骨。1932年，明义士携这批甲骨入齐鲁大学任考古教授，并在校中办了一个博物馆收藏自己的部分甲骨。抗战爆发后，齐大迁入成都华西坝，部分甲骨也随之同迁。可以想象的是，欲弃昆明赴成都的顾颉刚正需要人手以壮声威，且齐鲁大学又有明义士收藏的大批甲骨需要整理研究，胡福林在甲骨整理方面受过专门训练，算是内行，顾氏乃暗中拉胡氏入伙。胡出于个人利益考虑，认为另立山头的机会来临，遂与顾一拍即合，这才有了后来胡福林离奇出走的事发生。
傅斯年的霸气以及在学界政坛的身份和地位，齐鲁大学当权者自然深知，接到质询函不敢怠慢小视，于1940年9月20日复函傅斯年，解释说：“敝校三年前，曾购置明义士所藏甲骨，以整理需人，夙闻胡福林先生精于是学，遂行奉聘，此议虽系发于去年，但当时胡先生以贵所工作一时未能结束，辞谢不来，并将原聘函退还，此为去岁十月中事。至本年四月胡先生来函谓贵所工作再有三四月可了，敝校因再寄出聘书，订明自本年九月一日起薪，惟因道途艰阻，特发给旅费国币一千元正”云云。
这封信函，明白无误地证实了傅斯年听到的消息，尽管此前傅认为“事涉离奇，殊难置信”，但此次却不得不予以置信了。为此，傅斯年更加恼怒，认为这是顾颉刚、钱穆者流另立山头，与史语所分庭抗礼，向自己挑战的不祥之举。李济、董作宾、梁思永等诸学术大腕闻讯，皆对此表示愤慨，并鼓动傅斯年对齐鲁大学校方（实则是对顾、钱、胡等人）来一番口诛笔伐，以正视听。于是，傅斯年卷袖挥臂，再度奋笔疾书向齐鲁大学开起炮来，书曰：
查本所助理员胡福林于本年八月廿三日请假一月送眷赴渝，言明一月后即返滇销假，并预支九、十两月薪金，以作旅费。行前并未表示辞职之意，且谓其妻由许心武君介绍在北碚工作，言之凿凿。该员领有本所任书，任期至本年度年底截止。但据贵校来函，该员又已接受贵校聘书，并订自本年九月一日起薪，此种矛盾事实，究应由贵校解释，抑由胡福林本人解释，无关重轻，惟有不能不向贵校正告者：本所历来对于服务人员，除契约中所规定双方必须遵守之少数条件以及一切文化国家学术机关共认之原则外，无任何其它约束，但在规定中者，则双方均有严格遵守之义务。十余年来，本所同仁之聘任、续约、解约、去职，各随意志，照章而行，来去均极光明。曾有其
它学术机关借用本所专门学者，先例甚多，大抵均在约满以后行之，或由请求机关征得本所同意，本所亦乐为赞助。如胡福林之未向本所辞职，即接受贵校聘书，并领双方薪金者，尚为初见。该员在本所工作有年，尚属勤谨，向无外务，不意贵校利用美金收入，外汇高涨，由滇赴川旅费一项，即支一千元，使一青年学者背其契约上之义务及作人之道，且事前并未与本所有商洽，此等办法，是否基于贵校所谓‘基督教之精神’，自应仍请贵校思之。本所以为此类举动，似与学术机关之身份不合，且易在青年学者之心术上生不良之影响，实不胜遗憾。
在指责教训了一番后，傅斯年又以凌厉的姿态和攻势向齐鲁大学发出警告：
至此后关于胡福林个人之行动，自与本所无涉，但在该员服务于贵校期间，若在贵校任何刊物内，载有本所未经发表之任何材料，自应由贵校负责，本所当采取适当办法办理。又，贵校来函，如昆明“购书之困难”等语，不知胡福林在此，乃向北平、上海购书，由此转寄贵校，积之已久，人所共见。诸如此类，以无大情，不暇细论，一切统希照查为荷。
当傅斯年发出这篇言辞激烈的讨伐檄文时，已是1940年11月1日，其时，胡福林已悄然转道赶赴成都齐鲁大学，与顾颉刚等人胜利会师于成都北郊崇义桥赖家院研究所住地了。对于傅斯年的愤怒与指责，齐鲁大学校方与顾颉刚、胡福林等商讨后，认为傅氏尽管霸气冲天，但毕竟鞭长莫及，对齐鲁大学构不成巨大威胁，且齐鲁大学的名誉校长是重权在握的孔祥熙，有这位孔大人罩着，谅傅斯年也不敢，或者说不能在太岁头上动土，做出不利于齐大的事来。于是，校方当局与顾、胡等人以胜利者的姿态会心一笑，不再理睬。只是令顾颉刚与胡福林没有想到的是，早在抗战前的1936年，明义士回加拿大休假，行前将收藏甲骨的大部分珍品悄悄打包，秘密转移到外籍好友麦克卢医生住房地下室中，这个诡秘的行动没有一个中国人知晓。抗战爆发，齐鲁大学南迁，这批最具学术研究价值的甲骨并未随校迁到成都，学校于兵荒马乱中带走的只是一少部分零散甲骨。因而胡福林到了研究所之后并没有多大的空间可供发挥，颇为窝火（南按：直到1951年夏，时任齐鲁大学文学院院长林仰山，才向当局交出了一份明义士埋藏地点的秘密地图，这批甲骨珍宝才从地下室挖出，得以重新面世）。1941年5月19日，胡福林致函傅斯年，询问可否援引史语所“集刊十本一分附录沦陷文稿办理之例”，用于自己最新撰写的《甲骨学商史论丛初集》中。傅斯年与李济、董作宾商量后，李、董二人皆认为不可，于是傅回信予以拒绝。想不到胡福林并不罢休，来信提出抗议，指责史语所几位巨头不通人情世故。李济得知此情，勃然大怒，在7月30日致傅斯年的信中毫不客气地说道：“弟对于胡福林实在厌恶。他所抗议的几条是否可作有效答复这要问彦老了。士林多此一人即多一败类，未议尊意如何？”8月3日，傅斯年回复李济：“关于胡福林事，如就其引彦老之文与之辩，转不易说，只能就他末了‘不得已’一节，骂他一顿。弟觉应复一信，尊意如何，乞示知。”
傅斯年与李济对胡福林的抗议有无反击，如何开骂，不得而知。但自此之后，史语所算是与胡福林彻底脱离了关系，虽胡氏日后还有主动示好的信函致傅、李、董几位大腕，几人皆漠然处之。
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